Épargné comme prince du sang lors de la Saint-Barthélemy le 24 août 1572, Henri doit abjurer le protestantisme.
Prisonnier à la cour de France pendant trois ans, il parvient à s’échapper, retourne dans ses états et revient au protestantisme.
Henri prend la tête du parti protestant en 1580 lors de la 7e guerre de religion : il s’empare de Cahors dont il épargne les habitants.
En 1584, la mort du duc d’Alençon, jeune frère du roi Henri III, fait d’Henri l’héritier du trône de France.