La Réforme touche d'abord les villes
Dans cet ensemble Cévennes-Languedoc, la Réforme touche d’abord, dès 1530-1540, les villes : Montpellier, Nîmes, Florac, Anduze et Uzès.
À Uzès et Florac, ce sont des moines qui prêchent les idées nouvelles. Dès 1559, des envoyés de Genève organisent les premières Églises, puis la Réforme essaime vers Alès, Le Vigan, Garges, Sauve, Gignac et même Pont-Saint-Esprit.
En 1560, le comte de Villars, représentant le roi en Languedoc, organise une sévère répression à Aigues-Mortes, Montpellier et Saint-Jean du Gard.
Cependant, dès le printemps 1561, les Églises protestantes se redressent, grâce à Pierre Viret, réformateur de la Suisse romande qui séjourna à Nîmes puis à Orthez où la reine de Navarre l’a appelé comme professeur de théologie du collège. L’été 1561 une vague iconoclaste parcourt la région, à l’instigation, notamment du pasteur Tartas, condamné pour cette action par Calvin.
À la fin du XVIe siècle, les Églises réformées du Languedoc et des Cévennes ont une position dominante et majoritaire au sein des communautés locales.
En 1564, Théodore de Bèze inaugure à Nîmes, le Temple de la Calade.
En 1582, est construit à Montpellier le Grand Temple, si admiré pour son toit supporté par un arc extraordinaire.
Ni les guerres de religion ni même la Saint-Barthélemy (1572) ne réussissent à déstabiliser la domination réformée dans le Languedoc-Roussillon.
Les guerres du XVIIe siècle
Au XVIIe, après la mort d’Henri IV (1610) la situation va changer avec les guerres d’Henri de Rohan (1579-1638). En 1622 après un long siège de l’armée royale, Montpellier capitule, ses fortifications sont détruites. En 1629, Privas tombe, Alès capitule. La paix d’Alès met fin à la puissance militaire huguenote du midi protestant.
Les missionnaires catholiques multiplient ensuite leurs efforts de conversion et un harcèlement juridique incessant entraîne la fermeture et la démolition d’un temple sur deux avant la Révocation de l’Édit de Nantes.
Seulement trois édifices religieux construits avant 1685 subsistent aujourd'hui
- le temple du Collet de Dèze (Lozère),
- le temple de Vialas (Lozère), ancienne église rendue aux catholiques puis restituée aux protestants en 1804,
- et le temple de Vézenobres (Gard) devenu église catholique après 1685, puis rétrocédé au culte réformé en 1791.
Les dragonnades, commencées en 1681 dans le Poitou, atteignent le Midi. Sur une grande échelle, on pratique le système : loger dans les familles réformées les dragons qui se livrent à toutes les exactions. Seule l’abjuration assurait leur départ.
La Révocation et la guerre des Camisards
Lorsque vient la Révocation, toute la région Cévennes-Languedoc bascule : le 29 septembre 1685, Montpellier cède aux troupes royales campées devant la ville, le 4 octobre, à Nîmes, 4 000 huguenots abjurent dans la cathédrale, suivis bientôt par toute la population. L’épouvante gagne la montagne, les Cévennes s’écroulent à leur tour. « Il n’y a point de paroisse qui n’ait été bien nettoyée » écrit l’intendant du roi, Basville. 170 000 réformés avaient pendant un siècle et demi rempli environ 250 temples, mais les autorités s’emploient à faire disparaître toute trace visible de la foi réformée.
Après la Révocation, le pouvoir surveille de près les « nouveaux convertis ». L’abbé du Chayla et ses missionnaires, hommes de loi et serviteurs armés, appliquent avec sévérité les mesures royales. Début 1702, il fait pendre la jeune prophétesse Françoise Brès. Sa dureté et son manque de clémence provoquent une expédition punitive le 24 juillet 1702 menée par Abraham Mazel, Salomon Couderc et Esprit Séguier. C’est le début de la guerre des Cévennes ou guerre des Camisards, qui enflamme la région de 1702 à 1704, en théorie et en fait se prolonge jusqu’en 1710, avec de nombreux épisodes tragiques, dont le fameux « brûlement des Cévennes » en décembre 1703. La guerre des Camisards mobilise 20 000 hommes des troupes royales et entraîne la mort de 25 à 30 000 hommes, femmes et enfants des deux confessions.
Dans ce sud protestant les assemblées du Désert, les dragonnades, les prédicants, ont laissé leurs traces, et les lieux de mémoire abondent.