Katholische und Lutherische Kirche trennen sich
Karl V. sah es als seine Pflicht an, die Einheit der Kirche wiederherzustellen. Der friedliche Weg, den Melanchthon im Augsburger Bekenntnis vorgeschlagen hat, ließ sich nicht verwirklichen. Der Kaiser drohte den Anhängern der Reformation Gewalt an.
Doch die protestantischen Fürsten und Reichsstädte waren dazu nicht bereit. 1531 schlossen sie in Schmalkalden ein Verteidigungsbündnis und bekannten sich zum Augsburger Bekenntnis. Dieses Bekenntnis wurde entgegen ihrer ursprünglichen Absicht zur Geburtsurkunde der Kirchentrennung. Im Reich entstanden neben der römischen Kirche mehrere evangelische Landeskirchen.
Karl V. sitz seine Gewaltandrohung seit 1546 in die Tat um. Im Krieg erlitten die Schmalkaldener 1547 eine entscheidende Niederlage. Trotzdem gelang es dem Kaiser nicht, die Reformation auszulöschen. 1555 musste er im Augsburger Religionsfrieden die Existenz lutherischer Landeskirchen anerkennen. Der Kaiser blieb der weltliche Herr des Reiches, aber die Fürsten erhielten das Recht, die Konfession ihrer Landeskirche zu bestimmen. Seitdem war das Reich auch staatskirchenrechtlich geteilt.
Seit 1555 verfestigte sich der Gegensatz zwischen römischen Katholiken und Lutheranern. Ihre Kommunikation war fast ausschließlich polemisch. Der Zerfall der Einheit Europas schien nicht mehr aufzuhalten.