Ludwig XV. verspricht die Duldung des lutherischen Bekenntnisses
Unter der Herrschaft des Grafen Leopold Eberhard (1699-1723) wurden in der Grafschaft die aus dem Kanton Bern vertriebenen Anabaptisten aufgenommen. Diese waren hervorragende Landwirte und brachten die besten Anbauverfahren in das Land.
Während der Herrschaft des Grafen Karl Alexander (1733-1737) und seines Bruders Karl Eugen (1737-1768) kam es ständig zu Schikanen durch die katholizismusfreundliche Politik von König Louis XV. Jeden Monat gab es neue Übergriffe. Die Kirchen wurden eine nach andern den Protestanten weggenommen, und keine Beschwerde fand Gehör. So in Vaujeaucourt, Héricourt, Montécheroux, Langres, Chagey, Seloncourt, Boudeval, Longevelie.
Schließlich unterzeichnete Graf Karl-Eugen, um diesen Missbräuchen ein Ende zu machen, am 10. Mai 1748 in Versailles eine Vereinbarung, mit der Louis XV. versprach, die Ausübung des lutherischen Glaubens in den Herrschaften zu dulden. Der Graf blieb im Genuss seiner Rechte in den Herrschaften, erkannte jedoch Frankreichs Oberhoheit an.
Im Laufe des 18. Jahrhunderts werden in den Dörfern des Montbéliarder Landes fünfzehn protestantische Kirchen erbaut : Sainte-Suzanne, Bethoncourt, Brevilliers, Saint Julien, Aibre, Valentigney (1832 abgerissen und ersetzt), Mandeure (1860 abgerissen und neu gebaut 1860), Vandoncourt, Deslé (1872 abgerissen und ersetzt), Dampierre-les-Bois, Attenjoie, Dambenois, Étupes, Exincourt (1845 abgerissen und ersetzt), Pierrefontaine les Blamont.
Montbéliard (Mömpelgard) auf der Höhe seines Ruhms
Der letzte Graf von Mömpelgard, Friedrich Eugen, der 1768 bis 1793 regierte, verlieh seinem Fürstentum einen gewissen Glanz. 1770 ließ er sich in Étupes eine Sommerresidenz erbauen. Er hatte eine Nichte König Friedrichs II. von Preußen geheiratet, die ihm zwei Töchter gebar. Die eine, Sophie-Dorothea, heiratete Großherzog Paul von Russland, den späteren Zaren Paul I., die zweite, Elisabeth, vermählte sich mit Erzherzog Franz von Österreich, dem späteren Kaiser von Österreich. Beide Prinzessinnen wurden folglich Kaiserinnen. Durch diese Ehen kam es zu häufigen Besuchen Kaiser Josephs II., Prinz Heinrichs von Preußen und einer Getreuen des französischen Hofs, der Baronin Oberkirch, in Montbéliard und Étupes.
Die Annexion an Frankreich
1790 wurden die Herrschaften effektiv französisch. Tatsächlich waren die Montbéliarser ihrer Sprache nach bereits immer französisch und ihr Partikularismus hatte eine wirkliche Verschmelzung mit Württemberg verhindert. So erfolgte die Annexion der Herrschaften an Frankreich ohne auf Widerstand zu stoßen. Unter dem Vorwand, Graf Friedrich Eugen habe sich mit den Feinden Frankreichs verbündet, nahm das Konventsmitglied Bernard de Saintes am 10. Oktober 1793 von Montbéliard Besitz.
Wie dies im Landesinneren von Frankreich für den Katholizismus galt, wurde auch die Ausübung des lutherischen Glaubens untersagt, und alle protestantischen Kirchen wurden in den Dienst des Kultes des Höchsten Wesens gestellt. Die Pastoren blieben jedoch in ihren Pfarreien im Amt. Man versammelte sich in Privathäusern, in Scheunen oder in Schulräumen. Ende 1795 verkündete der Nationalkonvent die Freiheit der Kulte, und die protestantischen Kirchen wurden an die Gläubigen zurückgegeben.
Während der französischen Revolution wurde in Montbéliard kein Blut vergossen. Der endgültige Anschluss an Frankreich fand 1796 durch die Pariser Vereinbarung statt, mit der Friedrich Eugen seine sämtlichen Rechte an Frankreich abtrat. Die Grafschaft wurde hintereinander in die Departements Haute-Saône, Mont-Terrible und Haut-Rhin eingegliedert. Erst 1816 erfolgte dann die verwaltungsrechtliche Regelung, mit der die Grafschaft unter die jetzigen Departements Doubs, Haute-Saône und Haut-Rhin aufgeteilt wurde.
