Friedenszeiten
Der Friede von Longjumeau dauert nur fünf Monate an. Am Hof haben die Katholiken wieder die Führung übernommen. Der Kardinal Karl von Lothringen nimmt wieder den ersten Platz im königlichen Rat ein. Michel de L’Hospital hatte sich zurückgezogen aufgrund von Vorwürfen der Königin, er habe die hugenottische Gefahr unterschätzt. In der Provinz schließen sich die Katholiken zu Verteidigungsbündnissen zusammen. In Toulouse wird der Gesandte des Königs, der dem Parlament das Befriedungsedikt bringt, getötet. Die von den Protestanten evakuierten Städte werden sogleich besetzt und die königlichen Truppen können in die protestantischen Sicherheitsplätze nicht vordringen.
Die Königsmacht beschließt, der religiösen Toleranz ein Ende zu setzen. Die Erlasse von Saint-Maur (September 1568) widerrufen das Edikt von Longjumeau und erklären die Hugenotten zu „Verbrechern, die die Majestät beleidigen und die öffentliche Ruhe stören“. In Paris zeigt Karl IX. durch eine spektakuläre Prozession, dass er als sehr christlicher König den Katholizismus verteidigt.
Der Bürgerkrieg in Frankreich wird ein weiteres Mal negativ durch internationale Ereignisse beeinflusst, besonders durch die Revolte der Untertanen Philipps II. in den Niederlanden, der sogenannten „Geusen“. Die furchtbare Unterdrückung, der sie zum Opfer fallen, wird vom Herzog von Alba angeführt und ruft in Frankreich große Empörung hervor. Jedes Lager profitiert von ausländischer Hilfe: die Katholiken von der König Philipps II. von Spanien, des Papstes Pius V. und des Herzogs der Toskana, die Protestanten von der Wilhelm von Nassaus, des Grafen von Oranien, mit dem Louis de Condé und Gaspard de Coligny im August 1568 ein Bündnis schließen, und der Unterstützung Elisabeths von England, die den Feldzug des Pfalzgrafen Wolfgang von Bayern nach Burgund im Frühjahr 1569 finanziert.
Louis de Condé und Gaspard de Coligny, die sich nach Burgund zurückgezogen hatten, fühlen sich bedroht. Sie entgehen einem Entführungsversuch und erreichen im September 1568 La Rochelle, eine Hochburg des hugenottischen Widerstandes. Dort treffen sie wieder auf die Soldaten aus der Gascogne unter der Führung von Johanna von Albret und ihrem 15jährigen Sohn Heinrich von Navarra (dem künftigen Heinrich IV.).
So beginnt der dritte Religionskrieg.
Kriegszeiten
Dieser dritte Krieg ist besonders lang und verwirrend. Die Gräueltaten werden immer zahlreicher, die Schlachten, die eine große Zahl von Soldaten aufbringen, sind blutig. Dieser Bürgerkrieg gewinnt internationalen Charakter durch die Beteiligung von Kontingenten aus der Schweiz, aus Deutschland, Italien und England. Er betrifft fast das ganze Königreich und hinterlässt ein furchtbar geschwächtes Land.
Die Kämpfe spielen sich von allem im Poitou, in Saintonge und in Aquitanien ab und sind geprägt von zwei Siegen der Katholiken:
In Jarnac (13. März 1569) erringt der Herzog von Anjou, der künftige Heinrich III., einen Sieg über den Prinzen Louis de Condé, der im Verlauf der Schlacht getötet wird: er ist vom Pferd gefallen, hat sich ein Bein gebrochen und will sich gerade ergeben, als er von einem Offizier von Anjou niedergestochen wird. Es ergeht der Befehl, alle hugenottischen Anführer zu ermorden. Gaspard de Coligny gelingt die Flucht und er schließt sich wieder Johanna von Albret an, die den Truppen ihren neuen Anführer vorstellt: ihren Sohn Heinrich von Navarra und den Sohn des Louis de Condé, den fünfzehnjährigen Heinrich I. von Bourbon: beide sind königlicher Abstammung.
Dank der Verstärkung durch deutsche Söldner schlägt Gaspard de Coligny die Soldaten von Philipp Strozzi in La Roche-d’Abeille (Juni 1569) südlich von Limoges: alle Gefangenen werden hingerichtet.
In Moncontour, im Norden des Hoch-Poitou (3. Oktober 1569) zählen die königlichen Truppen, verstärkt durch Schweizer Söldner, etwa 27.000 Mann, die Hugenotten 16.000. In dieser für die Hugenotten schwersten Niederlage gelingt dem verletzten Gaspard de Coligny die Flucht. Die Schweizer, mit den königlichen Truppen verbündet, gewähren den Deutschen keine Gnade: alle Gefangenen werden getötet.
Trotz dieser beiden Niederlagen verlieren die Hugenotten nicht den Mut. Gaspard de Coligny zieht wieder nach Norden und gelangt bis nach La Charité-sur-Loire. Im Juni 1570 erringt die protestantische Armee den Sieg in der Schlacht von Arnay-le-Duc. Ihre Vorhut bedroht Montargis: es scheint möglich, Paris einzuschließen, das keine königlichen Truppen mehr aufweist. Katharina von Medici fordert eine erneute Unterbrechung der Kämpfe: die Gemäßigten gewinnen wieder an Einfluss, der der Guise geht zurück.
Das in Saint-Germain am 8. August 1570 unterzeichnete Edikt bedeutet eine politische Kehrtwende, die eine Rückkehr zur bürgerlichen Toleranz beinhaltet: es garantiert Gewissensfreiheit, Freiheit der Religionsausübung an den Orten, wo sie am 1. August 1570 bestand; im Übrigen erhalten die Protestanten Sicherheitsplätze für zwei Jahre: La Rochelle, Cognac, La Charité-sur-Loire und Montauban, wo sie ihre vom König unterhaltenen Garnisonen behalten können.
Im Jahre 1570 glaubt Katharina von Medici, dass es ihr endlich gelungen sei, das Königreich zu befrieden. Aber dieser Frieden von Saint-Germain wird vom Papst kritisiert, vom spanischen Botschafter als „Teufelsfrieden“ bezeichnet und kann von den Katholiken nicht angenommen werden auf Grund der den Rebellen gewährten Garantien: dass der König jegliche Autorität über vier Städte verloren hat, erscheint ihnen unannehmbar.
