Ausbruch der Feindseligkeiten
Das Blutbad in einer Scheune, in der sich die Protestanten zum Gottesdienst versammelt hatten, in der Stadt Wassy, das der Herzog Franz von Guise zu verantworten hatte, wird gewöhnlich als Auslöser des ersten Religionskrieges betrachtet.
Ludwig von Bourbon, Fürst von Condé, organisiert den Krieg und facht ihn an. Auf seinen Befehl greifen die Protestanten zu den Waffen; beide Parteien greifen bevorzugt die Städte an: Ludwig von Condé nimmt am 2. April Orleans und danach Rouen, die zweitgröβte Stadt des Landes ein. Lyon geht in einer Nacht (30. April 1562) zur Reformation über. Weitere Städte werden rasch eingenommen und ebenso schnell wieder verloren (Rouen und viele Loire-Städte).
Ludwig von Condé rechtfertigt die Waffengewalt durch die Notwendigkeit, „den minderjährigen König während der Regentschaft der Königinmutter vor seiner Umgebung zu schützen“. Er prangert diejenigen an, die aus Ehrgeiz heraus dem Friedensedikt nicht Folge leisten und „eine groβe Anzahl seiner armen Untertanen ohne Rücksicht auf Alter und Geschlecht getötet haben, nur weil sie sich den Bestimmungen des Edikts gemäβ zu Gebet und Gottesdienst versammelt hatten“.
Der Krieg breitet sich im ganzen Königreich aus und spielt sich hauptsächlich auf drei Kampfplätzen ab: In der Normandie, im Loiretal und im Südwesten, noch mehr im Südosten, besonders im den Protestanten gänzlich überlassenen Languedoc. In beiden Lagern herrscht extreme Gewalt. Für die schlimmsten Gewalttaten sind im Dauphiné und in der Provence auf protestantischer Seite François de Beaumont, Baron des Adrets, und auf katholischer Seite Blaise de Montluc in der Guyenne verantwortlich.
Einmischung aus dem Ausland macht die Sache nicht leichter. Herzog Franz von Guise wendet sich an Philipp II. von Spanien (der die ältere Tochter Heinrichs II. geheiratet hat) und an den Herzog von Savoyen. Die Protestanten zählen auf die deutschen Landsknechte und natürlich die englischen Truppen. Nach dem Vertrag von Hampton Court im September 1562 trägt Elisabeth I. Geld und 6.000 Soldaten bei. Le Havre wird als Unterpfand genommen und Calais für den Fall des Sieges versprochen.
Die katholischen Anführer übernehmen die Initiative. Franz von Guise und der Connetable Anne de Montmorency belagern Rouen, bei der Eroberung der Stadt kommt es zu Plünderungen und grausamen Gewalttaten. Antoine de Bourbon wird verwundet und bekennt sich vor dem Tod zum Protestantismus. Eine der blutigsten Schlachten mit bis zu 8.000 Toten und Verletzten wird bei Dreux geschlagen (19. Dezember 1562), wo die Truppen Ludwigs von Condé und des Connetable Anne de Montmorency aufeinander treffen. Sie entscheidet sich zugunsten der Königlichen, Ludwig von Condé wird gefangen genommen. Herzog Franz von Guise belagert nun die von Protestanten besetzte Stadt Orleans. Dort wird er von einem früheren Mitverschwörer von Amboise, Jean de Poltrot de Méré, am 18. Februar 1563 ermordet. Als dieser auf dem Platz de Grève (Paris) gefoltert wird, beschuldigt er den Admiral Gaspard de Coligny.
Katharina von Medici, von der Vormacht der Guisen befreit, ist entschlossen, die Massaker zu beenden und in einer für die Katholiken akzeptablen Weise mit den Protestanten zu verhandeln. Am 19. März 1563 wird das Friedensedikt von Amboise unterzeichnet, für das Ludwig von Condé und der Connetable Anne de Montmorency verhandelt hatten; es sollte bis zur Einberufung eines nationalen Konzils in Kraft treten. Allen Untertanen wird Gewissensfreiheit zugestanden, aber für die Protestanten ist dieses Edikt nicht so vorteilhaft wie das vorhergehende Edikt vom Januar 1562. Die Ausübung der protestantischen Religion wird zwar in den Schlössern (für den Herrn, seine Familie und das Gesinde) zugelassen, wird aber nur in den Vorstädten in bestimmten Bezirken dem „gemeinen“ Volk erlaubt. Im Zuge solcher sozialen Diskriminierung wird das Volk sich vom Protestantismus distanzieren. In Paris ist der Gottesdienst verboten. Jean Calvin verurteilt diesen „Fürstenfrieden“ und er beschuldigt ihn des Verrats, weil er den Protestantismus auf die Aristokratie beschränkt und den volkstümlichen Protestantismus dafür opfert. Die hugenottische Seite hat das Spiel verloren, der Ausdehnung der Reform ist ein Ende gesetzt. Im Feldzug auf Le Havre versöhnen sich Katholiken und Protestanten. Die Feinde von gestern, Ludwig von Condé und der Connetable Anne de Montmorency, kämpfen gemeinsam gegen die Engländer, die die Waffen im Juli niederlegen. Im April 1564 wird in Troyes der Frieden mit England unterzeichnet.
Das Friedensedikt von Amboise wird von der Bevölkerung schlecht aufgenommen.
Die Kohabitation wird von den Machthabern unterstützt, sie senden Kommissare aus, die Klagen aufnehmen, auf die Wiedererstattung der Güter auf beiden Seiten achten und das Waffentragen verbieten sollen. In manchen Städten wie Lyon, Orleans oder Castres sind beide Konfessionen gleich stark. Man versucht Vertrauen und Wohlstand wieder herzustellen. Aber weder Protestanten noch Katholiken billigen das Edikt. Einige Parlamente weigern sich, es anzunehmen. Manche finden es unvereinbar mit dem Prinzip der Monarchie. Die protestantischen Armeen halten noch einen groβen Teil des Königreiches besetzt: die Normandie, das Languedoc, die Dauphiné. Viele glauben, dass dieser Frieden nicht lange halten kann.