Die Reformation ensteht nicht in Frankreich, sondern in Deutschland. 1517 prangert dort der Mönch Martin Luther die Mißbräuche der römisch-katholischen Kirche an : seine 95 Thesen sorgen für starke Aufregung. Dank der Fortschritte des Buchdrucks verbreiten sich seine reformatorischen Ideen schnell in ganz Europa. In Frankreich werden sie in humanistischen Kreisen, die seine Kritik an der Kirche teilen und ebenfalls für eine Rückkehr zum Evangelium eintreten, begeistert aufgenommen.
Die Ideen Luthers gelangen bis an den Hof des Königs Franz I.. Toleranz und Verfolgung wechseln einander ab, ohne die Ausbreitung des Protestantismus verhindern zu können. Durch die Religionskriege, die Frankreich ab 1562 verheeren, wird der Siegeszug der Reformation jedoch beendet : es kommt zu brutalen Massakern an den Protestanten, von denen diejenigen der « Bartholomäusnacht » die bekanntesten sind. Heinrich IV. gelingt es schließlich mit seinem Edikt von Nantes (1598), den allgemeinen Landfrieden wiederherzustellen.
Der bedeutendste Vordenker der französischen Reformation ist Jean Calvin. Um den in Frankreich herrschenden religiösen Verfolgungen zu entgehen, flieht er nach Genf, wo er sein weiteres Leben verbringt. Von dort aus begleitet er die reformierten Kirchen Frankreichs mit Rat und Tat.
Frankreich im 16. Jahrhundert
Im 16. Jahrhunderts hatte Frankreich noch nicht den heutigen Umfang. Viele heute zu Frankreich gehörende Landesteile lagen damals noch außerhalb des Königreiches, wie das Elsaß, das Mömpelgarder Land und Savoyen. Im Elsaß und in Mömpelgard verbreite sich der Protestantismus gewaltlos ; das galt nicht in gleichem Maße für Savoyen.