Die Protestanten nahmen die Kirche 1561 in Besitz, als sie Herren der Stadt wurden. Sie nutzten diese Kirche einige Jahre lang als Gotteshaus. 1563 wurde die Kirche im Frieden von Amboise den Katholiken zurückerstattet.
1564 wurden hier Katharina von Medici und Karl IX. empfangen.
1567 rissen die Hugenotten die Turmspitze und einen Teil des Kirchengewölbes nieder und benutzten die Kirche als Festung. Während der Belagerungen diente der Glockenturm als Beobachtungsturm.
Auf der Nord- und der Westseite der Basis unterhalb des Glockenturmes (1740 originalgetreu ersetzt) kann man Spuren der Kanonenkugeln erkennen, die die Armee Ludwigs XIII. bei der Belagerung 1621 abgeschossen hat.
Infolge der Zerstörung des Viertels Moustier wurde die Kirche Saint-Jacques zwischen 1630 und 1739 Kathedrale der Stadt.
Die Kirche Saint-Jacques
Église Saint-Jacques de Montauban, Rue de la République, Montauban, France