Ein herausragender Professor der Theologie in Straßburg
Nach dem Studium der Theologie und Philosophie an der Straßburger Universität vertieft Isaac Haffner seine Studien in Deutschland – in Göttingen und Leipzig – sowie zwei Jahre lang in Paris, wo er seinen Freund Blessig wieder findet. Nach seiner Rückkehr wird er in Straßburg Pastor an der Kirche Sankt Nikolai und Professor an der theologischen Fakultät.
Unter der Schreckensherrschaft kam er als Verdächtiger zehn Monate ins Gefängnis, da er sich gegen die Absetzung Ludwigs XVI ausgesprochen hatte. 1795 nimmt er seine pastoralen Tätigkeiten wieder auf und beteiligt sich an der Umstrukturierung der elsässischen Kirche, sein als zu hierarchisch angesehener Plan wird jedoch nicht angenommen.
Als die Protestantische Akademie 1803 an die Stelle der alten Universität tritt, wird Haffner an ihr zum Professor ernannt, und nach der Wiedereinrichtung der Theologischen Fakultät im Jahre 1818 zu deren ersten Dekan ernannt. In seiner Bibliothek befanden sich 30.000, meist mit handschriftlichen Anmerkungen oder Zusammenfassungen versehene Bücher, die von seiner großen Gelehrsamkeit zeugen.
Ein Mann der Tat
Wie sein Freund Blessig wurde er als « liberal » eingeschätzt, wies aber auch den Rationalismus der der Philosophie der Aufklärung anhängenden Generation zurück. Während die Anhänger der Erweckungsbewegung für den vollständigen Bruch mit dem vorherrschenden Rationalismus kämpften, zeigt Haffner sich in Predigten und Schriften als Partisan einer fortschreitenden Rückkehr zu einem strengeren Christentum. Er wollte die verschwommenen und unsicheren religiösen Überzeugungen seiner Gemeindemitglieder verändern und konzentrierte sich dazu auf die Verbreitung der Bibel: auf seine Anregung hin ließ die 1817 gegründete Bibelgesellschaft mehr als 10.000 Neue Testamente drucken und in den Gemeinden verteilen und dies wiederholte sich später noch mehrmals. Nach Haffner besteht die Gefahr, dass « nichts mehr für die Ausbildung des religiösen Lebens unternommen und die religiöse Erziehung der Jugend vernachlässigt wird. » Zum fünfzigsten Jahrestag seiner Amtseinsetzung, 1830, erfreute er sich allgemeiner Anerkennung.