Eine Familienberufung
Isaac Moillon wird 1614 als Sohn des protestantischen Malers Nicolas Moillon geboren und ist ein Bruder von Louise Moillon. Im Alter von fünf Jahren verliert er seinen Vater und wird im Malermilieu von Saint-Germain-des-Prés erzogen, nachdem seine Mutter sich mit dem protestantischen Stilllebenmaler François Garnier wiederverheiratet hat.
Um 1638-1640 nimmt er an der Ausschmückung des heute zerstörten Hôtel Bautri teil, das unter der Leitung von Le Vau in der jetzigen Rue Neuve des Petits-Champs erbaut wurde. In der Galerie und im Vestibül malt er die Scènes de la vie guerrière (Szenen aus dem Kriegsleben).
Er gehört auch zu der von Simon Vouet zusammengestellten Gruppe von Künstlern, die die Zeichnungen von Landschaften, Tieren und Verzierungen für die bei dem renommierten Maler Vouet in Auftrag gegebenen Bildteppiche anfertigen. 1653 hält er sich in Aubusson auf und beteiligt sich an der Ausschmückung der Schlösser in dieser Gegend.
Er ist auch bekannt für die Werke, die er im Hospital Hôtel-Dieu in Beaune geschaffen hat, wo sich seine Gemälde Les Miracles du Christ (Wunderheilungen Christi) zusammen mit einem Altarbild mit Saint Hugues ressuscitant un enfant noyé (Der Heilige Hugo erweckt ein ertrunkenes Kind wieder zum Leben) befinden (in situ). In der Kirche von Auxey-Duresses bei Beaune ist noch heute ein Christ au linceul (Christus mit dem Leichentuch) von seiner Hand zu sehen.
1663 wird er in die Akademie für Malerei und Skulptur (Académie de Peinture et de Sculpture) aufgenommen.
Er stirbt am 26. Mai 1673 und wird auf dem protestantischen Friedhof Saints-Pères am 29. Mai im Beisein seines Schwagers Étienne Girardot beigesetzt.