Ein Gegner, der zum Freund wurde
Martin Bucer, der Reformator aus Straßburg (1491-1551), war von den Schriften Luthers geprägt worden. Ab den 1520er Jahren nahm er Partei für die Schweizer Theologen in der Debatte bezüglich des Abendmahls: während Luther die Realpräsenz Christi in den eucharistischen Elementen verteidigte, interpretierten Huldrych Zwingli (Zürich) und Johannes Ökolampad (Basel) die Einsetzungsworte des Abendmahls symbolisch («dies ist mein Leib…» als «dies bedeutet mein Leib…»).
Melanchthon distanzierte sich von den Straßburgern und den Schweizern und verurteilte sogar ihre Positionen. 1530 näherten sie sich einander an: in seiner Apologie der Konfession von Augsburg, hatte Melanchthon seine Auffassung vom Abendmahl modifiziert: Christus ist gegenwärtig mit den Elementen von Brot und Wein, nicht in diesen Elementen; Bucer nutzte diesen Wandel, um die süddeutschen Städte dazu zu bringen, sich der Konfession von Augsburg anzuschließen.
1535 wurden Bucer und Melanchthon nach Paris eingeladen, um dort die protestantischen Anschauungen vorzustellen. Die beiden Männer, die Freunde geworden waren, waren sich einig, dass man in den Gebieten, die dem traditionellen Glauben treu geblieben waren, wie Frankreich, die Dinge nicht überstürzen sollte: die Wahrheit würde sich nach und nach durchsetzen, wenn man mit Vorsicht das Tor zur reformatorischen Predikation öffnete.
Anfang der 1540er Jahre waren Bucer und Melanchthon die Hauptvertreter in den politisch-religiösen Dialogen mit den Katholiken: beide waren dafür bekannt, dass sie sich für eine friedliche Regelung der religiösen Spaltung einsetzten.
Nach dem Sieg Karls des V. über die deutschen Protestanten 1547 trennten sich die Wege der beiden Reformatoren: Bucer, der es ablehnte, dass Straßburg sich dem Kaiser unterwarf, war gezwungen, nach England auszuwandern; Melanchthon versuchte nur die religiösen Verfügungen, die Karl der V. Sachsen auferlegen wollte, abzuschwächen und blieb Professor der Universität von Wittenberg.