Un pasteur libéral
Il développe son activité dans le cadre du Comité libéral. Considéré comme situé à l’extrême-gauche dogmatique, la communauté religieuse qu’il a développée se déploie en église presque indépendante. Ses nombreux ouvrages de spiritualité sont ceux d’un mystique indépendant, typique du protestantisme libéral. La maladie et la mort de son fils lui inspirent L’Âme des choses, et L’Ami. La vie simple (Paris, Collin, 1895) eut un grand succès et le président des États-Unis, Théodore Roosevelt, l’invita en 1904 pour une tournée triomphale aux États-Unis ainsi qu’à la Maison Blanche.
Avec les fonds recueillis en France et aux États-Unis, Charles Wagner fonde la paroisse du Foyer de l’Ame, rue Daval (devenue en 1924 rue du Pasteur Wagner), dont le temple de 1200 places assises témoigne de sa réputation de prédicateur.
En 1906, avec Wilfred Monod, il est l’instigateur de l’assemblée de Jarnac, où il plaide en faveur de l’unité, à l’origine de l’Union nationale des Églises réformées, dont il devient président d’honneur.
