Les protestants du Midi ne désarment pas et s’organisent. Le siège de La Rochelle, les résistances à Sancerre, Nîmes et autres villes du Midi montrent aux protestants qui ont perdu confiance en leur roi, qu’ils peuvent résister, la population leur est favorable, et l’important est de s’organiser. La constitution de l’Union des protestants du Midi établit un véritable gouvernement parallèle, que l’on peut nommer État huguenot.
Á Paris, la situation est confuse. Á la suite de la mort de Charles IX (30 mai 1574), le duc Henri d’Anjou quitte rapidement la Pologne, arrive en France en septembre 1574 et devient Henri III. Il est sacré roi le 13 février 1575. Il rentre dans un pays où l’agitation a repris un an auparavant, les protestants ayant repris les armes dès février 1574 dans le Dauphiné, en Vivarais, en Poitou et en Saintonge, combats qui marquent le début de la cinquième guerre de Religion.
L’autorité royale est remise en cause. Des pamphlets se déchaînent, dirigés surtout contre la reine mère, son entourage d’italiens intrigants considérés comme oppresseurs du royaume. Certains écrits remettent même en cause la légitimé du pouvoir royal : les « monarchomaques » distinguent la personne du prince, faillible, de la dignité monarchique. Ils défendent les institutions représentatives, l’autorité du peuple, qui réunit en assemblée est capable de faire la loi et de choisir le roi par élection. La révolte même est légitime si le roi ne gouverne pas pour le bien de tous. Ces idées sont largement diffusées par les publicistes calvinistes.
Les intrigues se développent entre les princes, les rivalités s’étalent au grand jour. Les plus grands seigneurs sont armés, entourés de gardes du corps. Le duc François d’Alençon, jeune frère du roi, qui réclame une participation plus importante au pouvoir, complote. Surveillé par son frère, il prend la tête d’un mouvement composé de protestants et de catholiques modérés. C’est l’alliance des « Malcontents » qui réclame une réforme de l’État, considérant que la tolérance du culte réformé est d’abord un problème de réforme politique. Cette cinquième guerre perd un peu de son caractère religieux pour devenir une guerre politique contre la tyrannie.
Les troubles ayant repris dans le Midi, François d’Alençon établit un plan pour quitter la Cour avec les princes Henri de Navarre et Henri de Condé dans le but de gagner Sedan où les attend Ludovic de Nassau. Le complot (printemps 1574) est découvert, les principaux acteurs exécutés. Le maréchal François de Montmorency soupçonné est embastillé. Le comte Gabriel de Montgomery, qui a involontairement en tournoi blessé à mort Henri II et a débarqué dans le Cotentin avec des troupes anglaises, est pris et exécuté de manière spectaculaire.
Le mouvement des « Malcontents » rebondit à partir du Midi, sous l’impulsion du gouverneur du Languedoc, Henri de Montmorency-Damville, frère cadet de François, cousin de l’amiral Gaspard de Coligny, et brouillé avec Catherine de Médicis. Bien que catholique, mais modéré, il s’allie aux huguenots, proposant aux Français des deux religions de les mener au combat contre les « oppresseurs » du royaume.
Les hostilités ont lieu en Poitou, Dauphiné et Languedoc. Henri III refuse tout d’abord, en avril 1575, d’accéder aux requêtes des « Malcontents », mais le 15 septembre 1575, François d’Alençon s’enfuit de la Cour et revendique l’exercice du gouvernement à côté de son frère en excluant son entourage. La situation devient d’autant plus difficile que l’étranger, une fois de plus, s’en mêle : Henri de Condé a conclu un accord avec Jean Casimir, fils de l’électeur palatin, qui s’engage à mobiliser 16 000 mercenaires. Cette invasion est arrêtée le 10 octobre 1575 par le duc de Guise à Dormans : au cours du combat, il reçoit une blessure au visage qui lui vaut le nom de « balafré ». Victoire temporaire, car les troupes allemandes envahissent la Bourgogne.
L’armée d’Henri de Condé est rejointe par celle du duc François d’Alençon. Le parti protestant est renforcé par Henri de Navarre, qui s’est enfui de la Cour, après avoir renoué avec « la vraie religion ». Les princes disposent de 30 000 hommes, nombre supérieur à celui de l’armée royale. Le duc François d’Alençon, catholique à la tête de troupes protestantes, hésite, sachant Paris fanatiquement guisard. Mais sommé par le prince de Condé, il accepte de marcher sur Paris. La négociation s’impose. Henri III signe à Étigny le traité de paix, appelé « paix de Monsieur ».
L’édit de Beaulieu (6 mai 1576) atteste la victoire des « Malcontents ». Il est très avantageux pour les protestants, le plus libéral depuis le début des guerres. Il permet l’exercice du culte réformé dans tous les lieux du royaume, sauf à Paris et deux lieues alentour, la libre tenue de toutes leurs assemblées, l’admission à tous les emplois et charges, la création de tribunaux mixtes, des chambres mi-parties dans chaque parlement.
Tous les procès sont abandonnés, les biens saisis restitués. Les protestants peuvent avoir leurs cimetières. Promesse est faite de la convocation d’états généraux. Par contre, les protestants doivent payer, comme les catholiques et, comme dans le passé, une dîme au clergé. La religion catholique est rétablie partout, même dans les villes où le pouvoir protestant a désaffecté les églises.
Mais surtout, les réformés reçoivent huit places de sûreté, sous la responsabilité du Prince Henri de Condé, qui après avoir reçu d’Henri III l’autorisation de rentrer dans son royaume, est nommé gouverneur de Picardie. Henri de Montmorency-Damville reste gouverneur du Languedoc, et le roi de Navarre, gouverneur de Guyenne.
La Saint Barthélemy est désavouée. La puissance du duc François d’Alençon augmente en terres et en argent, devenant duc d’Anjou comme précédemment son frère, et héritier du trône.
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