Organisation de l'Eglise protestante
Sous l’impulsion de Jean Calvin, l’Église protestante de France s’organise. La première église est celle de Meaux ; dès 1555 d’autres églises sont « dressées », à Paris, et surtout en Languedoc, Provence et dans la vallée de la Garonne. Un rassemblement clandestin des responsables des églises a lieu à Paris en 1559. Lors du premier synode national, on vote une confession de foi et une discipline ecclésiastique toutes inspirées de Jean Calvin. À partir de 1555, les adhésions à la Réforme se multiplient, dans les villes et dans la noblesse, surtout dans les provinces du Sud, en Normandie, en Brie et en Champagne.
À la mort d’Henri II en 1559, une partie de la haute noblesse qui siège de droit au Conseil du roi est devenue protestante. Sorti de la clandestinité, le parti se politise.
Les événements précurseurs des guerres de Religion
Le roi Henri II est entouré de grands seigneurs catholiques ambitieux, notamment du duc François de Guise, militaire prestigieux idolâtré par les Parisiens, et de son frère le cardinal Charles de Lorraine. Le 10 juillet 1559, à la mort accidentelle de ce roi considéré comme un rempart contre l’invasion des « luthériens », l’inquiétude augmente. Les Guise monopolisent le pouvoir au détriment du jeune roi François II.
En 1560, quelques nobles protestants veulent enlever le jeune roi François II pour le soustraire à l’influence des Guise : c’est la conjuration d’Amboise, qui échoue. Les Guise se vengent par de multiples exécutions, tandis que les protestants se soulèvent et s’emparent d’églises catholiques. La violence se développe des deux côtés. Après la mort de François II en 1560, Catherine de Médicis, veuve d’Henri II, devient régente, le nouveau souverain Charles IX n’ayant que 10 ans. Redoutant le pouvoir des Guise, aidée par le nouveau chancelier Michel de l’Hospital, elle veut ménager les protestants car elle espère obtenir la concorde religieuse. L’affaiblissement de la monarchie permet le réveil des féodalités : une crise politique menace de s’ajouter à la crise religieuse. En 1561, Catherine de Médicis réunit des théologiens catholiques et protestants au colloque de Poissy pour tenter une réconciliation, mais il échoue sur la question de la communion.
Pourtant, malgré l’échec du colloque, par l’édit de janvier 1562, Catherine de Médicis, reconnaît officiellement la diversité religieuse, accorde aux protestants la tenue des consistoires, des synodes, la liberté du culte en dehors des villes, de jour et en présence d’officiers royaux et la reconnaissance des pasteurs qui doivent prêter serments aux autorités. Mais les protestants doivent restituer les églises et objets de culte saisis, il est interdit de s’en prendre à la messe et aux cérémonies catholiques, de même qu’à leurs symboles. Cet édit marque l’apogée du protestantisme français.
Mais la population catholique, surtout dans la France septentrionale, n’accepte pas ce revirement, le petit peuple se méfie de cette religion des « gens distingués ». D’autant que ces derniers deviennent de plus en plus agressifs et violents : massacres de catholiques à Brignoles en mars 1562, destructions d’images saintes, profanations d’hosties et attaques contre des prêtres.
Des actions identiques sont notées du côté catholique, surtout dans la France du Nord. Des massacres de huguenots à Carcassonne et Toulouse constituent, selon le mot de Michelet, une « première Barthélemy ». La situation devient explosive. L’édit de janvier 1562 intervient trop tard, la régente n’a pas les moyens de le faire respecter. Les guerres de Religion commencent après le massacre de Wassy.
A Wassy, ville champenoise, un culte réformé est célébré le 1er mars 1562 dans une grange qui se trouve vraisemblablement à l’intérieur des remparts, donc en contravention avec l’édit de janvier. Le duc François de Guise passe, avec une escorte, dans la ville qui fait partie de ses terres. D’altercations en violences, la dispute dégénère. L’attaque de la grange fait une cinquantaine de morts, dont des femmes et des enfants, et plus de 150 blessés chez les protestants. Ces derniers parlent de préméditation et voient dans ce massacre le début des guerres de Religion. Pour les catholiques, c’est l’attaque d’Orléans par le prince Louis de Condé, le 2 avril 1562, qui en marque le point de départ.