Avec son frère, le cardinal de Lorraine, il a une grande influence sur le jeune roi François II.
A la tête du parti catholique, il réprime dans le sang la Conjuration d’Amboise (1560) et provoque le massacre de Wassy en 1562, à l’origine des guerres de religion. Durant le siège d’Orléans, il est assassiné le 18 février 1563 par un gentilhomme protestant.
Il est le père d’Henri de Guise, dit le balafré, chef de la Ligue, assassiné à Blois, en 1598, sur l’ordre d’Henri III.