Fondée par Jacques Sturm et dirigée jusqu’en 1581 par l’humaniste Jean Sturm, elle accueille les enseignements de Martin Bucer, Jean Calvin, Wolfang Capiton et Caspar Hédion.
Marqué par l’humanisme et la foi protestante, le Gymnase est un établissement d’études secondaires latines et une école primaire qui forme à l’éloquence, diffuse le savoir et éduque à la piété.
Il devient académie en 1566 (délivrant les premiers grades universitaires) puis université (délivrant le grade de docteur et comptant quatre facultés) en 1621.