En 1530, l’empereur Charles Quint convoque les princes allemands à une diète qui doit se réunir à Augsbourg en vue de faire cesser les discordes ecclésiastiques. Chaque prince est invité à présenter par écrit en allemand et en latin ses opinions en matière religieuse et à indiquer les abus ecclésiastiques à réformer. Le prince électeur de Saxe demande à Melanchthon de rédiger cet écrit. En effet, il connaît sa modération et espère encore parvenir à une entente avec les princes catholiques. L’œuvre est soumise à Luther qui l’approuve entièrement : « Elle me plait fort et je ne saurais rien y corriger ni changer : cela ne conviendrait pas non plus car, quant à moi, je ne puis marcher avec tant de grâce et de légèreté ».
Les autres princes évangéliques et les délégués des villes libres apportent, chacun, à Augsbourg un projet de déclaration de foi. Mais il est décidé d’établir une déclaration commune. Et c’est la confession de foi de Melanchthon qui est présentée au nom de tous les états évangéliques d’Allemagne et signée par tous les princes luthériens. Elle est précédée d’une adresse à l’empereur : les princes évangéliques déclarent vouloir rétablir la concorde avec les princes catholiques et appellent à un concile chrétien.
La première partie est réservée aux questions de doctrine. Elle démontre que les protestants remettent en honneur l’authentique doctrine de l’Église chrétienne universelle, s’appuyant sur l’Écriture et les Pères de l’Église. La deuxième partie traite des pratiques à modifier ou déjà modifiées dans les États passés au Protestantisme : la Sainte-Cène, le mariage des prêtres, la messe, la confession, les prescriptions alimentaires, les vœux monastiques et le pouvoir des évêques. Rien sur les indulgences, les pèlerinages, l’autorité du pape, la doctrine du purgatoire. Tout cela est passé sous silence par ménagement et pour mieux faire ressortir les points essentiels.
Les princes catholiques refusent de présenter une profession de foi. Puisqu’ils sont restés fidèles à la foi chrétienne, ils n’ont pas, selon eux, à présenter de justification. Ils contraignent Charles Quint à rejoindre leur camp. Au lieu de jouer le rôle d’arbitre, celui-ci charge alors les théologiens catholiques de réfuter la « Confession d’Augsbourg ».
Les princes protestants, de leur côté, demandent alors à Melanchthon de rédiger une apologie de « la Confession d’Augsbourg ». L’empereur refuse de la recevoir.
Le 19 novembre 1530, la diète d’Augsbourg statue : elle considère la doctrine luthérienne comme réfutée par l’Écriture. Les princes protestants ont six mois pour faire leur soumission.
Melanchthon retravaille son Apologie pour démontrer le mensonge du décret d’Augsbourg. Elle est publiée en 1531. Elle devient le 4e livre symbolique de l’Église luthérienne après les deux catéchismes de Luther et la Confession d’Augsbourg.
Melanchthon remanie toute sa vie la Confession et son Apologie. L’édition de 1540 est même signée par Calvin.
Dès 1555, la Confession d’Augsbourg devient la confession de foi officielle de l’Église luthérienne dans sa version de 1530.