En juillet 1877, la Revue chrétienne s’exprime ainsi : « Le 1er juin 1877 restera une date heureuse dans l’histoire du protestantisme français. L’ancienne faculté de théologie de Strasbourg, transférée à Paris par le décret du 27 mars dernier, a été officiellement installée et a ouvert ses cours ce jour-là, dans les bâtiments de l’ancien collège Rollin, rue Lhomond. La séance à laquelle assistaient plus de 200 personnes, était présidée par M. Mourier, le recteur de l’académie de Paris ». Ainsi, pour la première fois dans l’histoire de France, la théologie protestante est enseignée à Paris, et, de plus, avec le concours de l’État (A. Encrevé).
Le délai entre la signature du traité de Francfort (10 mai 1871) – entraînant la perte de l’Alsace et d’une partie de la Lorraine – et la création, seulement en 1877, de cette faculté à Paris s’explique, pour beaucoup, par les profondes divisions qui affectent le protestantisme français à cette époque, opposant orthodoxes et libéraux chez les réformés mais aussi chez les luthériens, sans oublier les libristes (cf. Le temps des divisions). D’une part, la Faculté de Montauban ne peut, à elle seule, former tous les pasteurs réformés français et sa nette orientation orthodoxe inquiète les libéraux, d’autre part le transfert de la Faculté de Strasbourg, à majorité libérale, risque de créer à Paris une grande faculté luthéro-réformée à dominante libérale, ce dont les orthodoxes ne veulent pas, allant jusqu’à proposer de transférer à Paris la Faculté de Montauban.
Le « schisme » du synode de 1872, la chute de Thiers, l’arrivée au pouvoir des partisans de l’Ordre Moral, hostiles au protestantisme, vont retarder les décisions. Certains protestants, en particulier Edmond de Pressensé, vont organiser à Paris un enseignement théologique se passant du concours de l’État : une École libre des Sciences religieuses, sur le modèle de l’École libre des Sciences politiques, est ainsi créée, donnant l’occasion aux professeurs de Strasbourg de reprendre à Paris leur enseignement. Elle fonctionnera pendant 3 années.
Il faut attendre l’arrivée du protestant W. Waddington au ministère de l’Instruction publique (du 9 mars 1875 au 16 mai 1877) pour qu’une solution soit prise. Le décret du 27 mars 1877 précise : « la faculté mixte de théologie protestante dont le siège était à Strasbourg est transférée à Paris ». Cette décision satisfait les luthériens, les réformés libéraux, les libristes. Mais, devant le mécontentement des réformés orthodoxes, l’éventualité du transfert de la faculté de Montauban à Paris n’était pas exclue, mais elle exigeait une loi. En fait, elle restera à Montauban jusqu’en 1919, date à laquelle elle sera transférée à Montpellier.
Les enseignants les plus remarqués furent A. Sabatier, E. Ménégoz, J. Réville.
Musée virtuel du protestantisme