La défenestration de Prague
En 1608, les princes protestants, avec à leur tête l’Électeur palatin Frédéric V, forment l’Union évangélique. Les catholiques répondent par la formation d’une Sainte-Ligue dirigée par Maximilien de Bavière.
En 1609, l’empereur Rudolf II prononce la « Lettre de Majesté », laquelle garantit les libertés religieuses en Bohême. Mais en 1618, l’empereur Mathias ne la respectant plus, les protestants se révoltent. Le 23 mai c’est la troisième défenestration de Prague (les deux premières datent de 1419 et 1483), considérée comme le début de la guerre de Trente Ans. A la mort de Matthias, ils refusent de reconnaître comme héritier Ferdinand II et proclament roi de Bohême l’Électeur palatin Frédéric V, chef des protestants. Les protestants sont écrasés à la Montagne Blanche (1620).
En 1624, la guerre s’élargit par l’intervention de Christian IV, roi du Danemark, qui vient soutenir les protestants. Les victoires de Tilly et Wallenstein repoussent les Danois (paix de Lubeck en 1629). Le triomphe des catholiques est total, et la maison des Habsbourg est au faîte de sa puissance ; elle régnait déjà sur l’Autriche-Bohême-Hongrie, sur la plus grande partie de l’Italie, l’Espagne, ainsi que les Pays-Bas espagnols.
L'intervention de la Suède, puis de la France
L’édit de restitution de Ferdinand II (1625), obligeant les protestants à restituer les biens ecclésiastiques confisqués, entretient l’hostilité protestante. Gustave II Adolphe, roi de Suède, luthérien et soutenu financièrement par Richelieu, intervient par solidarité vis-à-vis des princes protestants (et pour ses ambitions sur la Baltique) : ses victoires sur les catholiques sont foudroyantes, jusqu’à la bataille de Lützen où il meurt (1632).
La situation basculant en faveur des Impériaux, la France de Richelieu se lance dans la guerre contre l’Empire. Les Espagnols, se dirigeant sur Paris, sont écrasés par Condé à Rocroi (1643), tandis que Turenne et les Suédois envahissent la Bohême et la Bavière.
Les traités de Westphalie, en 1648, mettent fin aux hostilités. Les négociations commencent à Münster (1644), opposant les Provinces-Unies à l’Espagne et la France au Saint-Empire germanique, les négociations entre la Suède et l’Empire se déroulant à Osnabruck (1645). Les bénéficiaires sont la France : elle est confirmée dans la possession des Trois Évêchés (Metz, Toul et Verdun), dont elle avait la tutelle depuis 1552 ; elle annexe la Basse Alsace et la ville de Brisach en Allemagne qui s’ajoutent à Pignerol (Piémont) qui était revenue à la France dès 1631 à la suite de la guerre de succession de Mantoue. La Suède s’étend sur les rives de la Baltique et annexe la Poméranie occidentale, dont la partie orientale est annexée par le Brandebourg. L’indépendance des Pays-Bas est reconnue définitivement, ainsi que celle des cantons suisses.
La maison des Habsbourg ressort très affaiblie de cette guerre. L’Allemagne, qui a perdu un tiers de sa population, est ruinée et en plein désordre politique.