Les motifs d'emprisonnement : tentative d'émigration hors de France, pratique de la religion réformée
À partir de la Révocation de l’édit de Nantes (1685), les protestants qui tentent de quitter la France, s’ils sont arrêtés, sont passibles des galères pour les hommes ou de l’emprisonnement pour les femmes. Il en est de même pour tous ceux qui les ont aidés.
Tous ceux qui ont participé à des assemblées clandestines et ont été arrêtés, sont condamnés de même.
Un quart des protestants tente d’émigrer au moment de la Révocation. Beaucoup sont repris et les prisons se remplissent.
La tour de Constance réservée aux femmes à partir de 1707
Dès la Révocation, les tours des remparts d’Aigues-Mortes servent de prisons. En 1707, la tour de Constance est réservée aux femmes condamnées à perpétuité pour cause de religion. Le nombre de prisonnières a fluctué de 17 à 34. Marie Durand, emprisonnée à quinze ans, est restée enfermée trente huit ans, jusqu’en 1768 date à laquelle les trois dernières prisonnières ont été libérées.
Carcassonne
En 1712, de nombreuses femmes, particulièrement de la région de Nîmes, y sont enfermées, la plupart depuis plus de dix ans.
Marseille
Les forts Saint-Nicolas et Saint-Jean servent généralement pour des galériens en transit pour l’outre-mer. Un millier de protestants au total furent déportés aux Antilles, hommes, femmes et enfants.
Dans le château d’If, véritable prison, certains huguenots restent captifs de nombreuses années. Les galériens protestants refusant avec constance de se convertir sont jetés dans les cachots.
Ile Sainte-Marguerite (près de Cannes)
Un vieux fort sert de prison à sept pasteurs, qui sortis de France à la Révocation sont revenus sur le conseil de Claude Brousson pour ne pas abandonner les fidèles ; ils ont beaucoup prêché avant d’être arrêtés à Paris entre 1689 et 1692 et envoyés à l’Ile Sainte-Marguerite condamnés au secret absolu. Ils tentent de communiquer entre eux ou avec l’extérieur, chantent des Psaumes, ce que leurs gardiens interdisent. À la suite de mauvais traitements, deux ou trois seraient devenus fous.
Lyon
Lyon est un lieu de passage pour ceux qui tentent de franchir la frontière vers Genève. Les prisons lyonnaises, et surtout celle de Pierre-Encize, se remplissent.
Tour de Crest (Drôme)
L’ancien donjon sert de prison aux huguenots de 1687 à 1740.
Maisons des Nouvelles Catholiques
Il existe encore une autre forme d’enfermement pour ceux qui n’ont pas consenti à renier leur foi : sans jugement cette fois, les couvents servent de prison pour les femmes, les jeunes filles protestantes enlevées à leurs parents sont envoyées dans des « Maisons des Nouvelles Catholiques ». Dans les deux cas, on tente de les faire abjurer, des convertisseurs les visitent sans cesse.