La Réforme est d'abord luthérienne
C’est au temps du prince Ulric de Wurtemberg, comte de Montbéliard, que la Réforme luthérienne est introduite dans la Principauté.
Ulric avait accueilli en 1522 Jean Gayling, disciple de Luther, après avoir été en contact avec le réformateur Œcolampade. Ce faisant Ulric réagissait contre les abus du clergé catholique de l’époque.
En 1524, Œcolampade envoie à Montbéliard Guillaume Farel qui avait quitté l’Église catholique lorsqu’il fut convaincu que la réforme intérieure y était impossible. À Montbéliard, Farel administrait l’eucharistie sous les deux espèces. En 1525, Érasme écrivait de Rotterdam : « À Montbéliard, Farel a été appelé à prêcher l’Évangile : son succès est merveilleux ».
Mais sous la pression des cantons suisses catholiques, Ulric est obligé de se séparer de Farel. En 1527, l’archevêque de Besançon excommunie l’ensemble des habitants de Montbéliard, mesure qu’il lève en 1529.
L'influence du courant réformé suisse
En 1535, le réformateur Pierre Toussain arrive à Montbéliard. Il était chanoine à Metz, ville où il a été attiré par les milieux évangéliques, d’où il part pour Bâle, hébergé par Œcolampade. Il y rencontre Farel puis Zwingli à Zurich. Ce dernier lui développe sa position concernant la présence du Christ dans la Cène.
Dès son arrivée à Montbéliard, Toussain fait ouvrir une école pour les garçons et les filles. En 1538, il obtient l’établissement de l’Église évangélique dans la principauté : le 17 novembre 1538, le comte Georges de Montbéliard fait abolir la messe et les cérémonies catholiques. La Sainte Cène est célébrée à Pâques 1539 selon les principes évangéliques. Dès la fin de 1539, les treize premiers prédicants recrutés par Farel à Genève arrivent et sont installés le 1er avril 1540 dans les paroisses rurales. C’est ainsi que le luthéranisme montbéliardais se trouve marqué par les positions calvinistes qui prévalaient en Suisse.
En 1544, Toussain définit le sacrement de la Cène dans laquelle c’est le vrai corps et le vrai sang du Seigneur qui nous est donné pour la nourriture de nos âmes mais il va de soi qu’il n’y a rien là de charnel ni de matériel : il s’agit d’un corps céleste spirituel.
En 1548, l’empereur Charles Quint impose aux montbéliardais l’Intérim, à la suite de la victoire qu’il avait remportée sur les princes protestants divisés. L’Intérim était une formulation de doctrine et de discipline qui comportait une atténuation de la doctrine catholique et qui devait être obligatoire jusqu’à la réunion d’un prochain concile. Un régime mixte prévalut jusqu’en 1553. D’un côté les prêtres pratiquaient le catholicisme tel qu’il était avant la Réforme, de l’autre les prédicants conservaient les dispositions évangéliques.
Retour au luthéranisme
En 1555, Toussain rompt avec Farel et Calvin qui avaient été ses amis. Les motifs de séparation sont la doctrine de la prédestination et la punition des hérétiques dont Calvin avait donné l’exemple avec le supplice de Michel Servet.
Pendant son ministère à Montbéliard, Toussain crée une école dans chaque presbytère. Il applique les dispositions de la Confession d’Augsbourg qu’il considère conforme à la Parole de Dieu. Il prend sa retraite en 1571 et meurt en 1573 à près de 75 ans.
La Réforme s’est implantée dans le Pays de Montbéliard sans qu’aucune violence ait été exercée et sans qu’une goutte de sang ait été répandue.