Louis XV promet de tolérer la religion luthérienne
Sous le règne du comte Léopold-Eberhard (1699-1723) furent recueillis dans le comté les anabaptistes chassés du canton de Berne. C’étaient d’excellents agriculteurs qui introduisirent dans le pays les meilleurs procédés de culture.
Sous les règnes des comtes Charles-Alexandre (1733-1737) et de son frère Charles-Eugène (1737-1768) se manifestèrent d’incessantes tracasseries résultant de la politique catholicisante du roi Louis XV. Chaque mois surgissaient de nouvelles usurpations. Les églises étaient prises l’une après l’autre aux protestants et aucune réclamation n’était écoutée. Ce fut le cas à Vaujeaucourt, Héricourt, Montécheroux, Langres, Chagey, Seloncourt, Boudeval, Longevelie.
Finalement, pour mettre un terme à ces exactions, le comte Charles-Eugène signa à Versailles le 10 mai 1748, une convention par laquelle Louis XV promettait de tolérer l’exercice de la religion luthérienne dans les seigneuries. Le comte gardait la jouissance de ses droits dans celles-ci, tout en reconnaissant la suzeraineté de la France.
Au cours du XVIIIe siècle, quinze temples sont construits dans les villages du Pays :
Sainte-Suzanne, Bethoncourt, Brevilliers, Saint Julien, Aibre, Valentigney (démoli et remplacé en 1832), Mandeure (démoli et reconstruit en 1860), Vandoncourt, Deslé (démoli et remplacé en 1872), Dampierre-les-Bois, Attenjoie, Dambenois, Étupes, Exincourt (démoli et remplacé en 1845) Pierrefontaine les Blamont.
Montbéliard au faîte de sa gloire
Le dernier comte de Montbéliard, Frédéric-Eugène qui régna de 1768 à 1793 donna un certain lustre à sa principauté. Il s’était fait construire une résidence d’été à Étupes en 1770. Il avait épousé une nièce de Frédéric II, roi de Prusse, dont il eut deux filles. L’une, Sophie-Dorothée, épousa le grand-duc Paul de Russie, futur tsar Paul 1er, la seconde, Elisabeth, épousa l’archiduc François d’Autriche qui devint empereur d’Autriche. Les deux princesses devinrent donc impératrices. Ces unions justifièrent de fréquentes visites à Montbéliard et Étupes de l’empereur Joseph II, du prince Henri de Prusse et d’une fidèle de la cour de France, la baronne d’Oberkirch.
L'annexion à la France
En 1790, les seigneuries devinrent effectivement françaises. En fait les Montbéliardais étaient depuis toujours français de langue et leur particularisme avait empêché la réelle soudure avec le Wurtemberg. Si bien que l’annexion des seigneuries se passa sans coup férir. Sous prétexte que le comte Frédéric-Eugène s’était allié aux ennemis de la France, le conventionnel Bernard de Saintes prit possession de Montbéliard le 10 octobre 1793.
Comme dans la France de l’intérieur pour le catholicisme, le culte luthérien fut interdit et tous les temples servirent à célébrer le culte de l’Être suprême. Toutefois les pasteurs restèrent en fonction dans leurs presbytères. On se réunissait dans des maisons particulières dans des granges ou dans des salles d’école. À la fin de 1795, la Convention Nationale proclama la liberté des cultes et les temples furent rendus à leurs fidèles.
La Révolution française ne versa pas de sang à Montbéliard. La réunion définitive à la France eut lieu en 1796 lors de la convention de Paris par laquelle Frédéric-Eugène cédait tous ses droits à la France. Le comté fut successivement rattaché aux départements de la Haute-Saône, du Mont-Terrible et du Haut-Rhin. Ce n’est qu’en 1816 que furent prises les dispositions administratives qui partagèrent le comté entre les actuels départements du Doubs, de la Haute-Saône et du Haut-Rhin.