Diffusion des idées de Calvin
Les œuvres de Calvin circulent en France et surtout son Institution de la Religion chrétienne, dont la dernière édition paraît en 1560. Il s’agit d’une œuvre immense dont le but est double : construire une doctrine pour ensuite susciter des hommes aptes à la mettre en pratique. Ainsi les communautés réformées, plus ou moins clandestines, acquièrent une légalité religieuse, une structure théologique et ecclésiologique.
À partir de 1555, de nombreuses Églises s’étaient organisées « à la mode de Genève ».
Dès son ouverture, en 1559, l’Académie de Genève forme des ministres qui viennent en France « dresser » des Églises de stricte obédience. En cinq ans, il s’en crée environ un millier, situées surtout dans l’espace occitan, mais aussi dans le sud du Poitou, dans les pays de la Loire et en Normandie. Au cours des années 1559-1565, le mouvement d’expansion est considérable : on compte en France environ deux millions de protestants, soit quelque 10% de la population du royaume. Certaines villes comme Montauban sont exclusivement protestantes. Mais cet essor spectaculaire est de courte durée. Dès 1565, le reflux s’amorce. Le grand tournant se situe au moment de la Saint-Barthélemy, en 1572.
À la fin du XVIe siècle, les protestants ont diminué en nombre – ils ne sont plus qu’un million – mais ce million demeure actif, surtout dans les villes.
Une organisation des Églises à trois niveaux
Au niveau de l’Église locale, les protestants s’assemblent pour élire un conseil d’anciens appelé consistoire. Le consistoire nomme le pasteur. Il doit « avoir de toutes choses qui concernent l’ordre, l’entretien et le gouvernement de l’église ».
Au niveau provincial et national, les Églises se dotent d’une institution originale, le synode, assemblée de représentants des Églises qui servent de liaison entre les communautés locales indépendantes et égales.
Un cas d'organisation politique
La pensée protestante ouvre sur une conception du pouvoir qui conteste l’absolutisme. Dans le domaine de la théorie politique, certains prônent la souveraineté du peuple, représenté par les États Généraux : ce sont les monarchomaques. Les Provinces-Unies du Midi représentent une application originale de cette théorie : l’instauration d’un régime qui s’apparente à une république fédérative. Ce régime dura une vingtaine d’années.