Imposé par Henri IV, son but immédiat est la paix civile, et le rétablissement de la confiance. Son objectif, avoué, reste l’unité religieuse du royaume. Dans le préambule, le roi souhaite que « l’établissement d’une bonne paix » permette à ses « sujets de la religion prétendue réformée » de revenir à la « vraie religion », la sienne, « la religion catholique, apostolique et romaine ».
Les documents de l’édit comportent quatre textes distincts :
• un premier brevet promet une subvention annuelle de 45 000 écus pour les besoins du culte protestant, et, surtout une rémunération des « ministres » (pasteurs) ;
• l’édit proprement dit, qui comporte 92 articles, est « perpétuel et irrévocable », ce qui signifie qu’il ne peut être modifié que par un nouvel édit ;
• un deuxième brevet assure aux protestants 150 lieux de refuge accordés pour 8 ans, dont 51 places de sûreté, dont les garnisons sont tenues par les protestants ;
• et un ensemble de 56 articles dits « secrets ou particuliers » de moindre importance réglant des situations locales.
Certaines dispositions de l’édit de Nantes sont favorables aux catholiques : la messe est rétablie partout, y compris au Béarn. Les services catholiques sont seuls autorisés dans la plupart des villes. Tous les bâtiments ayant appartenu aux catholiques leurs sont rendus. Les curés des paroisses perçoivent la dîme de la part des protestants selon la coutume.
D’autres sont en faveur des protestants : octroi de la liberté de conscience, respect de l’organisation des synodes, égalité en matière d’éducation, égalité absolue d’accès à toutes dignités et charges publiques.
La pratique du culte protestant est limitée. Il est autorisé seulement dans certains lieux. Il est interdit là où il n’est pas explicitement autorisé, notamment à la Cour, à Paris, et à moins de cinq lieues de la capitale, ainsi qu’aux armées. L’édit comporte des dispositions générales : amnistie générale (sauf cas « exécrables »), interdiction des troubles, provocations, excitations du peuple, égalité devant la loi et la justice, liberté d’abjuration c’est-à-dire possibilité de changer de religion, garantie juridique grâce à des chambres mixtes, droit de retour des émigrés et de leurs enfants.
L’enregistrement de l’édit est fait par les parlements. Certains y sont franchement hostiles : Henri IV doit l’imposer au Parlement de Paris, mais celui de Rouen attendra onze ans avant de le ratifier.