Le fonctionnement des Églises
Les Églises réformées fonctionnent comme au XVIe siècle. Elles sont dirigées par une série d’instances au niveau local (consistoire), régional (synode provincial), national (synode national). Dans toutes ces instances, les laïcs sont au moins en nombre égal aux pasteurs. L’organisation des Églises réformées selon le système « presbytérien-synodal » diffère largement de celle très hiérarchisée de l’Église catholique. À partir de 1614, le fonctionnement des Églises réformées est contrôlé et limité par l’autorité royale qui suscite des difficultés en ce qui concerne les finances et la convocation des synodes nationaux.
Les pasteurs, au nombre approximatif de 700, desservent les villes et bourgs autorisés par l’édit de Nantes. Ils y résident, avec leurs familles lorsqu’ils sont mariés. Leur tâche est essentiellement théologique : assurer la prédication le dimanche et plusieurs fois par semaine et le catéchisme pour enfants et adultes. Les difficultés financières des Églises qui s’accroissent au cours du siècle rendent la situation matérielle des pasteurs de plus en plus difficile, s’ils ne sont pas issus de familles aisées. À la Révocation de l’édit de Nantes (1685), les pasteurs ont le choix entre abjurer et émigrer. La plupart choisissent de quitter la France.
La formation des pasteurs est assurée dans les académies réformées dont le nombre varie entre 3 et 5 au cours du XVIIe siècle. Il s’agit d’un enseignement supérieur qui privilégie l’enseignement des langues (hébreu et grec) pour la lecture de la Bible dans les textes originaux. Certaines académies, comme celle de Saumur, ont un rayonnement qui dépasse la France et attire de nombreux étudiants étrangers.
La controverse avec les catholiques est une occupation importante des pasteurs soit dans la prédication soit dans les écrits où catholiques et protestants se réfutent mutuellement. Plus de 7 000 ouvrages de controverse sont publiés au cours du XVIIe siècle. Du côté protestant, les principaux protagonistes sont les pasteurs du temple de Charenton comme Pierre du Moulin ou Jean Claude et les professeurs des académies. Du côté catholique, les jésuites s’engagent dès le début dans la controverse puis Bossuet et les jansénistes.
Pierre du Moulin est le premier pasteur du temple de Charenton (qui est l’Église de Paris) puis professeur à l’académie réformée de Sedan. Sa réputation d’orateur est grande et lui vaut d’être l’aumônier de Catherine de Bourbon, sœur d’Henri IV, fidèle huguenote.
La pratique religieuse communautaire des réformés a pour cadre le temple. Les fidèles s’y rendent pour la prédication et la célébration des sacrements et le catéchisme. Mais il existe aussi une pratique privée ou familiale centrée sur la lecture de la Bible et le chant des psaumes.