L'Adhésion puis la rupture avec le régime de Vichy
L’Église Réformée de France (ERF) affirme « la nécessité de soutenir la France dans cette guerre qui lui a été imposée ». Après l’effondrement de l’armée française en juin 1940, le régime de Vichy apparaît légitime, et certains thèmes de la Révolution Nationale, comme la devise « Travail, Famille, Patrie » sont jugés, pour un temps, favorablement par quelques pasteurs. Comme la majorité des Français, la communauté protestante, durant l’été 1940, est « maréchaliste ».
La rupture avec le régime de Vichy apparaît dès l’automne 1940, déclenchée par les lois antisémites officialisées par les instances dirigeantes en mars 1941. Au nom de l’ERF, le pasteur Marc Boegner écrit une lettre de solidarité au grand rabbin Isaïe Schwartz et une lettre de protestation officielle à l’amiral Darlan, vice-président du Conseil du gouvernement. Allant plus loin, le texte des « thèses de Pomeyrol » (septembre 1941), proclame que l’Église confessante doit résister à « toute influence totalitaire et idolâtre ». Lorsque le gouvernement Laval après les grandes rafles de juillet ordonne en août 1942 la déportation d’un grand nombre de juifs, l’ERF condamne fermement ces décisions et l’antisémitisme. Le rôle de la Cimade en faveur des réfugiés et des juifs sera capital.
La Résistance en France et hors de France
Il est vrai que la résistance proprement militaire n’est pas plus forte que celle de la population dans son ensemble, et il n’y a pas véritablement de « maquis protestants », en dehors de quelques poches de « refuge » ou de résistance dans les régions de forte tradition protestante, dont Le Chambon-sur-Lignon, village du Vivarais, est le symbole. Il s’agit surtout d’une résistance civile et spirituelle au régime de Vichy, par le biais de nombreux « réseaux ». Les différents « groupes d’études » crées par André Philip, aboutiront à la création en février 1943 du « Comité Général d’Études », comprenant de nombreux protestants, réfléchissant aux problèmes juridiques, politiques et économiques qui se poseront à la Libération.
Hors de France, la proportion de protestants parmi les Forces Françaises Libres et l’entourage du Général de Gaulle est importante. Plusieurs personnalités ont un rôle essentiel , en particulier le pasteur Frank Christol et André Philip. Le nombre de protestants morts pour la France est difficile à évaluer, mais généralement estimé comme supérieur à la moyenne nationale. Plusieurs protestants ont été faits Compagnons de la Libération. Nombreux sont les protestants déportés dans les camps de concentration allemands.
La Libération
Lors de la Libération, de nombreux protestants font partie des nouvelles autorités administratives, et devant certains excès de l’épuration, beaucoup de pasteurs, anciens résistants, interviennent en faveur d’une justice moins expéditive.
L’attitude des protestants durant la deuxième guerre mondiale est ainsi présentée par André Encrevé : Répondant, le 17 juin 1945, à un message que lui avait envoyé le synode national de l’Église Réformée de France le Général de Gaulle écrit que durant la guerre « le protestantisme français a su garder la claire vision de l’intérêt véritable et du devoir sacré de la patrie. Cette attitude était conforme à l’esprit d’indépendance, de résistance à l’oppression, de fidélité au drapeau, qui anime la tradition de vos Églises ».