1948-1966, Willem Visser't Hooft (1900-1985)
Le pasteur Visser’t Hooft, qui avait été nommé secrétaire général du COE en formation lors de son assemblée constitutive en 1938, est élu secrétaire général du COE lors de l’Assemblée constituante en 1948. Plusieurs fois réélu, il prend sa retraite en 1966. Lors de l’assemblée d’Uppsala, en 1968. Il est élu président d’honneur du COE.
Willem Visser’t Hooft a consolidé et étoffé dans leurs missions les départements du COE. Il a développé de nombreuses réflexions et débats autour du thème Églises et société, rattachant toujours l’exigence œcuménique aux formes fondamentales de l’Église telles qu’elles se sont enrichies au cours des siècles
1966-1972, Eugene Carson Blake (1906-1985)
Le pasteur Carson Blake est membre de l’Église presbytérienne des États-Unis. Il a présidé le National council of churches. Cet ami de Martin Luther King a été, avant de prendre ses responsabilités au COE, un ardent défenseur des droits civiques. Au COE, il contribue à la mise en œuvre du programme de lutte contre le racisme.
1972-1984, Philip A. Potter (1921-2015)
Le pasteur Philip Potter, né en République dominicaine, est membre de l’Église méthodiste. Très actif dans les milieux étudiants, il est président de la FUACE (1960-1968). A ce titre, il participe à la commission Mission et évangélisation du COE. Élu secrétaire général du COE, il développe le programme Églises et société dont les grandes lignes ont été tracées à l’assemblée d’Uppsala : faire réfléchir les Églises sur les moyens de tendre vers une « société juste et viable, fondée sur la participation ». Il joue un rôle actif dans la lutte contre l’Apartheid menée par Nelson Mandela et l’évêque Desmond Tutu.
C’est sous son mandat que paraît le document Baptême, eucharistie, communion (BEM). Celui-ci a été rédigé par le département Foi et Constitution dans lequel sont entrés, en 1975, des représentants de l’Église catholique.
Philip Potter a toujours voulu souligner une unité fondamentale de la foi, du témoignage et de l’action.
1985-1992, Emilio Castro (1927-2013)
Le pasteur Emilio Castro, né en Urugay, est membre de l’Église méthodiste. Il a fait des études de théologie à Bâle, auprès de Karl Barth. Il travaille très tôt au sein du COE et, en 1973, il dirige la Commission de mission et d’évangélisation. Puis il devient le quatrième secrétaire général du COE. Au cours de son mandat, il engage le projet Paix, justice et sauvegarde de la création, l’un des thèmes de travail de l’assemblée de Canberra ; il engage des procédures de rapprochement entre le COE et les Églises pentecôtistes. Proche des acteurs de la théologie de la libération, ouvertement opposé aux dictatures de l’Amérique latine, Emilio Castro n’a cessé de chercher des chemins favorables au développement des pays émergents, s’attirant les critiques des milieux économiques libéraux.
1993-2003, Konrad Raiser
Le pasteur Konrad Raiser est né en 1938. Luthérien, il est membre de l’Église évangélique allemande (EKD). Après des études de théologie en Allemagne et aux États-Unis (Harvard), il entre au COE et travaille dans le département Foi et Constitution. Il est élu secrétaire général à un moment où l’organisation connaît quelques débats houleux : les représentants des Églises orthodoxes et ceux des Églises pentecôtistes s’opposent sur le thème de l’Esprit saint ; les débats relatifs aux problèmes suscités par l’ordre économique mondial sont intenses, les guerres au Proche-Orient inquiètent : « Que signifie être l’Église dans un contexte marqué par la mondialisation et la violence ? » demande-t-il au Comité central du COE en 2002.
2004-2009, Samuel Kobia
Le pasteur Samuel Kobia est né au Kenya en 1947. Il est membre l’Église méthodiste. Formé à Chicago et au MIT (études d’urbanisme), il est très tôt actif au sein de la commission du COE, Justice, Paix et sauvegarde de la création , il dirige une mission d’information sur le Soudan, ses ambiguïtés géopolitiques, ses souffrances. Il invite les Églises à oeuvrer sans relâche à la guérison du monde et à la restauration de la dignité humaine. Parfois critiqué pour ses positions dures contre tel ou tel gouvernement en Israël, il n’a pas sollicité le renouvellement de son mandat.
Olav Fykse Tveit, depuis 2010
Le pasteur Olav Fykse Tveit lui succède en 2010. Celui-ci, né en 1960, est membre de l’Église luthérienne de Norvège. Il a fait partie de la Commission plénière de Foi et constitution du COE et il a été coprésident du groupe restreint du Forum œcuménique Palestine Israël.