L'implantation de la Réforme dans cette région fut difficile
Un des premiers martyrs est Roland Greslet, brûlé à Chartres en 1523.
De petites communautés protestantes existent à partir de 1550 à Houdan, à Dreux, à la Ferté-Vidame, à Chartres, au temple de Pont Tranchefêtu, près de Nogent-le-Rotrou, et à Authon.
Orléanais
Orléans par sa riche université est le berceau de la Réforme française : avec Théodore de Bèze, Olivétan (qui doit quitter la ville en 1528) et Calvin qui y étudie le droit. Lefèvre d’Étaples, et Anne du Bourg y ont aussi étudié.
Louis Ier de Condé y fut enfermé après la conjuration d’Amboise, puis la ville fut occupée par les armées protestantes de Condé et Coligny. En 1562 François de Guise assiège la ville et y est assassiné par Poltrot de Méré le 18 février.
Une église réformée est fondée en 1557 à Orléans qui compte même une école de théologie, mais la Saint-Barthélemy y fait beaucoup de victimes.
Non loin de Pithiviers se trouve le manoir de Bondaroy (XVe siècle) qui fut au XVIe siècle la demeure de Jean de la Taille, précurseur huguenot de la dramaturgie classique. Il rédigea à Bondaroy toute son œuvre littéraire. Il suivit Louis de Condé à la Rochelle en 1568 puis s’attacha à Henri de Navarre et fut blessé à la bataille d’Arnay-le-duc, lors de la troisième guerre de religion. Le manoir resta dans la famille protestante jusqu’à la Révocation.
Le château de Chamerolles
Sa chapelle servit de lieu de culte aux réformés, il se trouve sur la commune de Chilleurs aux Bois et porte encore sur un mur une inscription du Décalogue.
La petite cité de Châtillon-Coligny fut celle de l’amiral Gaspard II de Coligny, seigneur de Châtillon. Dans les vestiges du château on peut voir le puits attribué à Jean Goujon et la tombe de l’amiral. Dans la cité, l’ancienne prévôté surnommée « l’enfer », fut lieu de prêche des huguenots. L’ancien temple subsiste également donnant sur la rue du Temple et la rue Saint-Honoré.
Montargis permet d’évoquer le souvenir de sa souveraine Renée de France, duchesse de Ferrare, fille de Louis XII et d’Anne de Bretagne. Elle s’y retira dans son château après la mort du duc de Ferrare. Sympathisante calviniste elle reçut la dernière lettre de Calvin. De son château subsistent des contreforts, une tour d’angle, une crypte et la porte d’entrée.
Blois
Blois comme Orléans attire les partisans de la Réforme mais survit avec peine aux massacres de 1572. Des communautés rurales subsistent à Lorges, à Mer et au sud de la Beauce, autour de Bazoches.
Près de Blois, le plus prestigieux lieu de mémoire protestant demeurant aujourd’hui est le château de Talcy, puissant donjon médiéval acheté en 1517 par Bernard Salviati, cousin de Catherine de Médicis. Celle-ci y convie en 1562 les principaux chefs protestants. Cassandre fille de Salviati, fut célébrée par Ronsard et Diane, sa petite-fille fut la passion d’Agrippa d’Aubigné. Celui-ci blessé fut soigné par Diane au château de Talcy et, fiancé avec elle après la paix de Saint Germain, (1570) il dut rompre pour cause de religion.
Berry
Bourges s’ouvre vite à la Réforme grâce à Marguerite de Navarre, duchesse de Berry dès 1517. Calvin y étudie le droit de 1529 à 1530, habite 25 rue Mirbeau et donne des cours chez les Augustins, 73 rue Mirabeau, où une salle et une chaire portent son nom.
Place Gordaine la pierre de criée est nommée Pierre de Calvin. Celui-ci prêcha dit-on au château de Meillant et à l’église de Lignières. Théodore de Bèze étudie à Bourges de 1530 à 1535 chez Melchior Wolmar, précepteur de Calvin.
Des moines du couvent des Augustins et de Saint-Ambroix, 60 avenue Jean Jaurès, passent à la Réforme. Des cultes ont lieu à l’hôtel Colladon, 10 rue des Beaux-Arts, et même dans le palais des ducs de Berry, salle du duc Jean, place Marcel Plaisant, présidés dans ce lieu et à la cathédrale par l’évêque de Nevers, Paul Spifarne, en 1562. Des assemblées protestantes se réunissent aussi à Asnières-les-Bourges.
La Châtre, Saint-Amand ont aussi leur communauté protestante.
Sancerre soutient un siège héroïque lors de la quatrième guerre de religion.
Issoudun se rallie à la Réforme grâce au soutien de Marguerite de Navarre mais la communauté, gravement persécutée, doit un moment se réfugier à Bourges.
Touraine
Au XVIe siècle, la Réforme s’implante à Tours chez les artisans du textile (soie et drap d’or), les orfèvres et les horlogers.
Le nom de huguenots donné aux protestants viendrait de la vieille Tour Hugon (construite en 876) auprès de laquelle, ils se réunissaient pour chanter des psaumes.
En 1561, l’église des Cordeliers sert de Temple. Une réaction catholique brutale sévit en 1562, avant la Saint-Barthélemy. Les cultes ont lieu ensuite à Maillé (Indre-et-Loire), La Riche, près de Plessis-les-Tours où le temple est détruit en 1621, puis à la Ville-aux-Dames. Au XVIIe siècle l’église de Tours compte 2 000 fidèles protestants.
Le temple actuel est la chapelle de l’ancien couvent des Sœurs de l’Union Chrétienne créée en 1678 pour donner une éducation catholique aux jeunes filles protestantes enlevées à leurs familles.
Au nord de Tours, au château de Beaumont-la-Ronce (Indre-et-Loire), sont célébrés des mariages protestants après 1621, lorsque la communauté tourangelle est privée de temples.
Un cimetière protestant existait près de Château-la-Vallière.
Des familles protestantes demeuraient au Château de la Barrée (commune de Channay-sur-Lathan), au château de La Touche, près de Chaillé.
À Preuilly-sur-Claise, au sud de Loches, rue du Prêche, des pasteurs sont logés dans une maison encore visible aujourd’hui.
Amboise, la résidence royale des affaires
Amboise et son château escarpé, résidence royale, symbolise le refus royal de la Réforme. Lieu de la colère de François Ier lors de l’affaire des placards (1534), c’est aussi le lieu de la célèbre conjuration (1559). C’est au balcon de la façade nord du château que seront pendus les conjurés huguenots.
En 1562, Condé signe la paix d’Amboise avec Catherine de Médicis, d’où découle un édit de pacification ménageant surtout les intérêts des nobles réformés.
Dans toute la région Centre, la Révocation décime le protestantisme. En 1804, on ne comptait plus aucun protestant dans les départements de l’Indre et de l’Indre-et-Loire.
Dans le Loiret on en dénombrait encore 1 500 dont 250 à Orléans, dans le Loir-et-Cher environ 500 la plupart autour de Mer et 900 en Indre-et-Loir, à Mézières en Drouais et Dreux, dans cette région qui rassemblait environ 30 000 protestants avant la Révocation.