Cependant dès 1524, le moine Michel d’Arande, que protégeait Marguerite d’Angoulême, reine de Navarre et qui fréquentait le cénacle de Meaux, prêche à Chalon-sur-Saône.
À Vézelay, ou naît Théodore de Bèze en 1519, subsiste sa maison natale dans la grande rue (une plaque commémorative le qualifie de pasteur et écrivain) Théodore de Bèze aurait séjourné dans la Tour de Conforgien, au sud de Saulieu.
Les communautés bourguignonnes acquises à la Réforme s’organisent en Églises à partir de 1561 :
- à Mâcon, Chalon-sur-Saône avec le pasteur Papillon ;
- à Autun ou deux anciens curés deviennent pasteurs ;
- à Avallon, Vézelay, Beaune, Arnay-le-Duc et Is-sur-Tille ;
- de même dans le Nivernais, à La Charité et Nevers ;
- dans le Bourbonnais, à Moulins et Saint-Bourgain.
Dijon au XVIe siècle
À Dijon, le Parlement de Bourgogne se montre très répressif avec la prétendue hérésie. Ainsi sont suppliciés le pasteur vaudois Pierre Mason (Dijon, 1530), le laboureur Jean Cornon (Mâcon 1535), Hubert Baré (1548), le lunetier Simon Laloé (1553), l’ex-chapelain Andoche Ménard (brûlé à Autun en 1556).
En 1562 à Sens, des violences éclatent au cours des processions. La Bourgogne est un champ de bataille parcouru par les troupes protestantes de Condé et Coligny.
Le frère d’Henri de Guise, gouverneur de Bourgogne est l’adversaire résolu d’Henri de Navarre (futur Henri IV).
De nombreuses Bibles et ouvrages de Calvin et Luther, conservés dans les bibliothèques de Beaune et Dijon attestent la présence d’un protestantisme bourguignon.
À Dijon, Hugues Sambin (1518-1601) sculpteur et architecte protestant a laissé des traces de son art sur la façade et la porte du Palais de Justice (ancien parlement de Bourgogne).
Le château des Coligny
À Tanlay (9 km Est de Tonnerre), François d’Andelot, frère de Coligny, fait construire un château.
Ses fresques originales
Dans une des tourelles subsiste une étonnante fresque du XVIe siècle représentant Catherine de Médicis en Minerve, le Cardinal de Lorraine en Mercure, et d’autres chefs catholiques et protestants, tous dans le plus simple appareil.
Des associations de défense du parti catholique s’organisent, ainsi à Dijon la confrérie du Saint-Esprit. C’est d’elles que naîtra la Ligue en 1576. Le frère d’Henri de Guise, le duc de Mayenne devenu gouverneur de Bourgogne s’oppose vivement à Henri IV qui devra reconquérir la Bourgogne par les armes assiégeant successivement Beaune, Nuits, Autun et n’entrera à Dijon qu’en 1595.
Au XVIIe siècle plusieurs églises protestantes subsistent jusqu’à la Révocation :
- à Chalon-sur-Saône,
- Buxy-Cluny,
- Couches-les-Mines, où la bourgeoisie protestante tenait le haut du pavé,
- Paray-le-Monial,
- Bourbon-Lancy,
- Arnay-le-Duc, communauté de marchands et d’artisans,
- Avallon, fief des Jaucourt,
- Châtillon-sur-Seine,
- et Is-sur-Tille.
L’ensemble de la communauté rassemblait 4 000 à 5 000 fidèles.
À la Révocation démolition des temples, abjurations et émigration vers le Refuge suisse décimèrent le protestantisme bourguignon.
Après la Révolution, on ne recensait plus que quelques dizaines de réformés.
La mémoire protestante subsiste à Espeuiller, (commune de Montapas) où l’Oratoire des Jaucourt est encore debout, au château de Coulon (commune de Mouron-sur-Yonne) est conservé la cheminée du Décalogue. Du temple de Beugnon (commune de Corbigny) demeure une tour carrée et à Ruères de Saint Léger Vauban (commune d’Avallon) une chapelle castrale.
Site répertoriant les temples de chaque région