Le Grand temple, antérieur à l'Édit de Nantes
À partir de 1560, le culte a lieu dans des maisons privées : dans la maison Dessandrieux, au Petit Scel, actuelle place du Marché aux Fleurs, ou, de nuit, dans la maison Didier Baudin ou la maison Mage, à l’emplacement de l’actuel palais des Facultés.
En 1561, les réformés s’emparent de l’église Notre-Dame-des-Tables, puis de la cathédrale Saint-Pierre. Mais Pierre Viret vient prêcher la modération et renvoie les protestants à la maison Mage.
1583 : construction du Grand temple de plan rectangulaire sur l’actuelle place Chabaneau. La date de l’inauguration y est gravée, accompagnée des armes de François de Chatillon, fils de Gaspard II de Coligny.
Le Petit temple
Après l’Édit de Nantes (1598) : construction du Petit temple place Saint Côme, inauguré en 1603.
Des troubles à la destruction
De grands désordres se déroulent dans la ville au XVIIe siècle, sous le nom de Grand Harlan. Louis XIII se déplace en personne pour signer la paix en 1622. Une amnistie générale est décrétée. Rohan, le chef militaire protestant, est nommé au gouvernement de Nîmes. Quarante ans de paix s’en suivent.
À partir de 1660, l’intendant du Roi, Nicolas de Lamoignon de Basville, impose une répression indépendante des ordres du Roi, contre les huguenots et les camisards, jusqu’en 1718.
1670 : l’intendant de Basville fait démolir le Petit temple.
1682 : le Grand temple est démoli sur l’ordre de Louis XIV, dans les vingt-quatre heures, par les réformés eux-mêmes qui doivent briser tous les matériaux, bancs, poutres, etc. Par tombereaux ceux-ci sont transportés vers le cimetière protestant, situé dans les jardins allant de la Comédie à la place de la gare (actuelle rue d’Obilion).
1698 : année sanglante pour Montpellier. Les prédicants sont torturés ou exécutés sur l’échafaud jusqu’à l’Édit de Tolérance (1787).