Des études dans l'Europe protestante
Il fréquente le collège de Sedan, puis se réfugie en Angleterre où il poursuit des études à Cambridge, de 1588 à 1592.
En 1592, il se rend aux Pays-Bas, à Leyde, où il occupe une charge de co-recteur dans un collège, puis est nommé professeur de philosophie à l’Académie.
Pierre Du Moulin devient pasteur de l'Église de Paris
En 1598, à l’appel du consistoire de l’Église réformée de Paris, il revient en France et rejoint les Églises réformées qui ont un besoin impérieux de pasteurs.
Au mois de mars 1599, il prend sa place dans l’Église de Paris. Les protestants n’avaient obtenu la liberté de célébrer leur culte qu’à 5 lieues de Paris, à Grigny, chez le sieur des Bordes Mercier , puis en 1601, à Ablon à 4 lieues, puis à Charenton en 1606. Il est le premier pasteur du temple de Charenton.
Sa réputation d’orateur est grande, elle lui vaut d’être aumônier de Catherine de Bourbon, sœur d’ Henri IV, fidèle huguenote, qui organise des cultes au Louvre (salle des cariatides) et au château de Fontainebleau.
Un rôle de premier plan dans l'Église
Dès 1612, il occupe un rôle de premier plan dans l’Église, exerce une influence certaine sur les synodes, notamment celui de Privas en 1612. Néanmoins, la période est difficile pour les protestants qui se sentent menacés, c’est le moment où Louis XIII entre en Béarn. En 1618, Du Moulin se voit interdire par le roi de se rendre au synode de Dordrecht aux Pays-Bas, mais parvient toutefois à faire entériner par le synode d’Alès (1620) qu’il préside les décisions prises à Dordrecht, en faveur de la doctrine orthodoxe de la prédestination.
Ses activités sont surveillées, on craint des liens trop étroits avec l’Angleterre où il s’est rendu en 1615 à l’invitation du roi Jacques II pour se voir conférer le titre de docteur de l’université de Cambridge.
De peur d’être arrêté à Paris, il se rend en 1621, à Sedan, en terre réformée, auprès du duc de Bouillon, qui l’accueille généreusement. Il y sera pasteur de l’Église réformée et professeur de théologie à l’Académie. Louis XIII refusant encore son retour à Paris, c’est là qu’il passera l’essentiel des dernières années de sa vie, avec toutefois, en 1624, un voyage en Angleterre à la demande du roi Jacques II. Il est nommé pasteur de l’Église française de Londres, mais son séjour prendra fin avec la mort du roi en 1625. Il obtient enfin en 1628 la permission de Louis XIII de pouvoir retourner à Paris.
Cependant c’est à Sedan qu’il s’établit jusqu’à sa mort en 1658.
Un auteur prolixe
Parmi les ouvrages de controverse, citons Apologie pour la saincte Cène du Seigneur contre la présence corporelle et la transsubstantiation, La Rochelle, 1607. Il y eut plusieurs éditions de ce texte et quelques traductions en anglais et en allemand.
Il écrivit aussi de nombreux ouvrages de piété, citons notamment Du combat chrétien ou des afflictions, Sedan, 1622, dont il y eut 16 éditions jusqu’en 1710 et des traductions en anglais, hollandais, allemand et italien.