Le culte reprend après le 9 Thermidor
C’est avec une certaine lenteur que les Églises se rétablissent après la Terreur.
La reprise du culte après le 9 Thermidor n’entraîne aucune tentative de réorganisation ecclésiastique. Les Églises ne semblent guère pressées de reconstituer le système synodal, à l’exception du Haut-Languedoc qui le fait fonctionner dès 1796.
La plupart des pasteurs reprennent leur fonction, quoique leur nombre, dans l’Église réformée, se soit un peu réduit. C’est souvent pour des raisons d’ordre financier que certains pasteurs sont amenés à exercer une autre profession.
La liberté des cultes est proclamée
Sur rapport du protestant Boissy d’Anglas la loi du 3 ventôse an III (21 février 1795) proclame officiellement la séparation des Églises et de l’État et la liberté des cultes sans appui de l’État, décision qui sera modifiée par le Concordat.
Le culte protestant n’avait, quant à lui, jamais été soutenu par l’État.
Dans le même temps, une autre loi mettait à la disposition des usagers les édifices cultuels et autorisait la célébration, à des heures différentes, de plusieurs cultes dans le même édifice. Cette pratique n’a été que rarement suivie, les protestants préférant reprendre la tradition du « Désert » dans le cas où ils ne possédaient aucun édifice en propre.
Retour des huguenots du Refuge
De nombreux huguenots vont bénéficier de l’Édit royal du 15 décembre 1790 accordant la nationalité française à toute personne exilée pour cause de religion :
« Toutes personnes qui, nées en pays étranger, descendant, en quelque degré que ce soit, d’un Français ou d’une Française expatriés pour cause de religion, sont déclarés naturels français et jouiront des droits attachés à cette qualité s’ils reviennent en France, y fixent leur domicile, et prêtent le serment civique. »
La loi du 15 décembre 1790 règle également la restitution des biens matériels « aux religionnaires fugitifs ». Elle décrète dans son article premier : « Les religionnaires fugitifs et autres dont les biens ont été confisqués pour cause de religion, et leurs héritiers sont appelés à recueillir (…) les biens qui se trouvent actuellement dans les mains des fermiers préposés à leur régie. »
Il est impossible de chiffrer de façon précise le nombre exact de ceux qui ont profité de cette loi. Toutefois, il convient de préciser qu’il fut largement inférieur à celui de l’exode.
Les plus nombreux contingents sont venus de Prusse ou de la Suisse romande. Parmi ces derniers, on peut signaler à titre d’exemple l’écrivain et homme politique Benjamin Constant (1767-1830).