Dès 1524, la paroisse adhère aux idées de la Réforme. Wolfgang Capiton en est le premier pasteur. En 1682, l’édifice est partagé entre les cultes luthérien et catholique, ce dernier obtenant l’usage du chœur ; un mur sépare alors la nef et le chœur.
Au milieu du XIXe siècle, à l’initiative du pasteur Friedrich Horning, Saint-Pierre-le-Jeune devient le phare du Réveil luthérien qui marque profondément l’histoire de la paroisse. Avec le départ de la paroisse catholique en 1895 pour un nouvel édifice, l’église réunifiée est complètement restaurée, ainsi que le cloître, sous la direction de l’architecte Carl Schäfer.
