Ouvrages de prestige autant que de défense, les tours gardent l’entrée du port depuis la fin du XIVesiècle.
Essentielles à la protection de la ville en cas de débarquement ennemi, Louis XIII les conserve, lorsque après le siège de la Rochelle en 1628 il ordonne la destruction de ses fortifications.
Au cours des âges, ces tours ont des destinations variées. Elles servent d’abord de logement aux « capitaines » chargés de surveiller le mouvement des bateaux dans le port et de percevoir les droits et taxes qu’ils doivent acquitter. Pendant la période protestante, c’est sur la tour de la Chaîne que flotte le drapeau bleu et blanc aux couleurs de la ville. C’est là que sont déposés, de 1569 à 1579, le cercueil de François d’Andelot, mort à Saintes et, de 1586 à 1599, celui de René II de Rohan, époux de Catherine de Parthenay, mort à La Rochelle.
Après la révocation de l’édit de Nantes (1685), la tour Saint-Nicolas est utilisée comme prison pour les protestants « opiniâtres ». Y sont ainsi détenus plus ou moins longuement, Jean Migault, pour tentative d’évasion hors de France, Nicolas, sieur de Voutron et de Coureilles, que la présence des dragons dans sa maison ne peut contraindre à l’abjuration, les propriétaires des logis de Vaugouin et de Pampin, accusés d’avoir caché des religionnaires voulant s’expatrier.
