Temps de paix
La paix de Longjumeau ne dure que cinq mois. Á la cour, les catholiques sont à nouveau les maîtres. Le cardinal Charles de Lorraine reprend la première place au conseil royal. Michel de l’Hospital s’était retiré, la reine lui reprochant d’avoir sous-estimé le péril huguenot. En province, les catholiques s’organisent en ligues d’autodéfense. Á Toulouse, l’envoyé du roi qui apporte au parlement l’édit de pacification, est tué. Les villes évacuées par les protestants sont aussitôt occupées, et dans les places protestantes les troupes royales ne peuvent pénétrer.
Le pouvoir royal décide de mettre fin à la tolérance religieuse. Les ordonnances de Saint-Maur (septembre 1568) révoquent l’édit de Longjumeau, déclarant les huguenots « criminels de lèse-majesté et perturbateurs du repos public ». Une spectaculaire procession est organisée à Paris, Charles IX démontrant qu’en tant que roi très chrétien il défend le catholicisme.
La guerre civile en France subit, une fois de plus, l’influence des événements internationaux, notamment de la révolte des sujets de Philippe II aux Pays-Bas, ceux qu’on a appelé les « gueux ». La terrible répression dont ils sont l’objet, menée par le duc d’Albe, suscite en France une grande émotion. Chaque camp bénéficie d’aides étrangères : pour les catholiques celles du roi Philippe II d’Espagne, du pape Pie V et du duc de Toscane, pour les protestants celle de Guillaume de Nassau, prince d’Orange avec lequel Louis de Condé et Gaspard de Coligny signent en août 1568 une alliance, et celle d’Élisabeth d’Angleterre qui finance l’expédition du comte palatin Wolfgang de Bavière, en Bourgogne au printemps de 1569.
Louis de Condé et Gaspard de Coligny, repliés en Bourgogne, se sentent menacés. Échappant à une tentative d’enlèvement, ils arrivent en septembre 1568 à La Rochelle, citadelle de la résistance huguenote. Ils y retrouvent les Gascons conduits par Jeanne d’Albret et son fils Henri de Navarre (futur Henri IV) âgé de 15 ans. C’est le début de la troisième guerre de religion.
Temps de guerre
Cette troisième guerre est particulièrement longue et confuse. Les atrocités se multiplient, les batailles qui mettent en jeu des effectifs importants sont sanglantes. Cette guerre civile s’internationalise, avec la participation des contingents venus de Suisse, d’Allemagne, d’Italie, d’Angleterre. Elle concerne la presque totalité du royaume, laissant un pays terriblement affaibli.
Les combats qui se déroulent principalement en Poitou, en Saintonge et en Guyenne, sont marqués par deux victoires des catholiques :
• Á Jarnac (13 mars 1569), le duc d’Anjou, futur Henri III, remporte une victoire sur le prince Louis de Condé tué au cours de la bataille : tombé de cheval, la jambe cassée, il s’apprête à se rendre, lorsqu’il est exécuté par un officier d’Anjou. L’ordre est donné d’égorger tous les chefs huguenots. Gaspard de Coligny réussit à s’enfuir et rejoint Jeanne d’Albret qui présente aux troupes leurs nouveaux chefs : son fils Henri de Navarre, et le fils de Louis de Condé, Henri Ier de Bourbon, qui a 15 ans : tous deux sont princes du sang. Grâce au renfort des mercenaires allemands, Gaspard de Coligny bat les soldats de Philippe Strozzi à La Roche-l’Abeille (juin 1569), au sud de Limoges : tous les prisonniers sont exécutés.
• Á Moncontour, au nord du haut Poitou (3 octobre 1569) les troupes royales renforcées par des mercenaires suisses comptent environ 27 000 hommes, les huguenots 16 000. C’est la plus sévère défaite des huguenots, au cours de laquelle l’amiral Gaspard de Coligny, blessé, réussit à s’enfuir. Les Suisses, alliés aux troupes royales, ne font pas de quartier aux Allemands ; tous les captifs sont tués.
En dépit de ces deux défaites, les huguenots ne sont pas découragés. Gaspard de Coligny remonte vers le nord et parvient jusqu’à La Charité-sur-Loire. En juin 1570, l’armée protestante l’emporte dans la bataille d’Arnay-le-Duc. Ses avants gardes menacent Montargis : investir Paris démunie des troupes royales paraît possible. Catherine de Médicis demande une nouvelle suspension des combats : les modérés retrouvent leur influence, celle des Guise recule.
L’édit, signé à Saint-Germain le 8 août 1570, est le signe d’un revirement politique, marquant un retour à la tolérance civile : il garantit la liberté de conscience, la liberté de culte dans les lieux où elle existe au 1er août 1570 ; par ailleurs les protestants obtiennent des places de sureté pour deux ans : La Rochelle, Cognac, La Charité-sur-Loire et Montauban, où ils pourront conserver des garnisons entretenues par le roi.
En 1570, Catherine de Médicis croit avoir enfin réussi à pacifier le royaume. Mais cette paix de Saint-Germain, critiquée par le pape, qualifiée de « paix du diable » par l’ambassadeur d’Espagne, ne peut être acceptée par les catholiques, en raison des garanties accordées aux rebelles : le roi a perdu toute autorité sur quatre villes, ce qui leur paraît inacceptable.
