La diversité des réformés va persister jusqu’aux premières années du XXe siècle. Après la dénonciation du Concordat, le synode officieux de Reims en mai 1905, avait décidé la convocation d’une Assemblée générale des Églises réformées, qui n’eût pas lieu. Pour éviter la rupture entre les deux grandes fractions, qui semblait s’être durcie lors du synode de Montpellier (1906), un appel fut lancé par quelques pasteurs, dont W. Monod, pour réunir une Assemblée destinée à étudier les moyens à mettre en œuvre pour restaurer l’unité. Cette réunion eut lieu à Jarnac (octobre 1906), et une Déclaration de principe fut élaborée, avec l’appui de Charles Wagner et W. Monod. En fait, la réunion de Jarnac fut un échec, car loin d’aboutir à une réunification, elle entraîna l’apparition d’une 3ème Union, l’Union nationale des Églises réformées (dite le plus souvent « Union de Jarnac ») officialisée l’année suivante au synode de Paris.
- l’Union des Églises réformées évangéliques : la plus nombreuse, avec 440 Églises et 410 pasteurs.
- l’Union des Églises réformées unies (anciennes Églises libérales), avec 100 Églises et 120 pasteurs.
- l’Union nationale des Églises réformées (dite de Jarnac) réunissant 80 Églises et 100 pasteurs.
On dénombrait également une cinquantaine d’Églises autonomes. « Jarnacquois » et libéraux s’uniront en 1912, sous le nom d’Union des Églises réformées.
La Fédération Protestante de France (FPF)
Mais la nécessité d’être unis vis-à-vis des pouvoirs publics, l’évolution doctrinale des libéraux, l’action des pasteurs Wilfred Monod et Elie Gounelle notamment, aboutissent à la création en octobre 1905, à Nîmes, de la Fédération protestante de France, qui regroupe les Églises réformées (évangéliques, libérales, libristes), les Églises luthériennes, les Églises méthodistes, rejointe par une partie des Églises baptistes en 1916.