Après 1848, des débats sans fin
La révolution de février 1848 introduit, pour quelques mois, la liberté de réunion. En septembre, une assemblée générale se réunit, les délégués étant élus au suffrage universel masculin, sans tenir compte des membres des consistoires. Un projet de réorganisation du statut légal de l’Église est préparé, qui propose la suppression des conditions de fortune pour l’élection des anciens, la reconnaissance de l’Église locale, et la reconstitution du système presbytérien-synodal ; ce projet n’aboutira pas.
Second Empire : après le coup d’État du 2 décembre 1851 Napoléon III signe le 26 mars 1852 un décret-loi, à la rédaction de laquelle a participé Charles Read, réaménageant le statut légal des Églises protestantes : élection au suffrage universel masculin des anciens et reconnaissance des Églises locales et de leur « conseil presbytéral ». Par contre, le système synodal n’est pas rétabli : certes, une structure centrale est créée, le « Conseil central des Églises réformées », mais ses membres sont nommés par l’État, et sans légitimité dans l’Église, son rôle sera réduit. L’Église réformée demeure sans tête, sans autorité centrale capable d’arbitrer les conflits de doctrine.
À partir de 1860, le débat entre libéraux et évangéliques orthodoxes se durcit. La radicalisation des libéraux inquiète les « orthodoxes », le parcours d’E. Scherrer ayant valeur d’exemple : le libéralisme extrémiste, en portant la critique des Écritures et des dogmes conduisait tout droit à un athéisme destructeur. Le conflit doctrinal s’étend à l’organisation de l’Église. Les conférences pastorales de Nîmes (libérales) et de Paris (évangéliques) adoptent peu à peu des positions opposées, et la nomination des pasteurs est souvent objet de contestation (cf. l’affaire Coquerel). Des « schismes » éclatent lorsque tel pasteur touché par les idées du Réveil se refuse à distribuer indistinctement la sainte Cène (cf. A. Monod). Les évangéliques demandent que les libéraux extrémistes soient interdits de prêcher dans les chaires de l’Église réformée, et plaident pour la réunion d’un synode général qui rédigerait une déclaration de foi à laquelle les pasteurs seraient obligés d’adhérer. Les libéraux modérés partagent les positions dogmatiques des évangéliques, mais ne peuvent les suivre sur un point : un protestant réformé se définit non par les doctrines qu’il professe, mais par la méthode d’analyse du texte biblique, c’est-à-dire le libre examen des Écritures ; comme les libéraux extrémistes reconnaissent le libre examen, nul n’a le droit de leur interdire la prédication dans l’Église.
Nécessité d'un arbitrage
Dans l’ecclésiologie réformée, ce serait à un synode de trancher. L’absence de synode empêche de trancher la querelle, qui ira en s’amplifiant, malgré l’intervention de notables laïcs comme Gustave Fornier de Clausonne. À plusieurs reprises, des protestants notables, en particulier François Guizot, vont aux Tuileries solliciter l’arbitrage de l’Empereur, ce qui permet à l’impératrice de faire remarquer, avec bon sens, à son mari : « vous ne pouvez pas être le pape d’une religion dont vous n’êtes pas ».
Après beaucoup d’hésitations, le premier synode général officiel, décidé en novembre 1871 par Thiers, se réunit à Paris en juin – juillet 1872. Les évangéliques sont majoritaires, ils font aboutir leurs projets :
- adoption d’une déclaration de foi qui devra être imposée aux nouveaux pasteurs – au risque d’exclure les libéraux extrémistes,
- conditions religieuses de l’électorat réformé,
- reconstitution complète du système presbytérien-synodal.
Des positions pourtant encore irréductibles
Mais les libéraux modérés, bien que d’accord sur la doctrine (mais pas sur l’ecclésiologie), se solidarisent avec les libéraux extrémistes, et refusent de mettre en application les décisions du synode. Seul l’appel au gouvernement permettrait de sortir de l’impasse, compliquée par une procédure juridique avec appel au Conseil d’État, mais le gouvernement ne veut pas se mêler des problèmes internes des Églises réformées, et laisse les protestants régler eux-mêmes le schisme de leur Église.
Dans les dernières décennies du XIXe siècle, deux Églises différentes coexistent de fait au sein du protestantisme réformé français, la plupart des libéraux extrémistes quittant l’Église de leur propre mouvement :
- Les évangéliques, refusant d’attendre davantage, organisent en novembre 1879 leur premier synode officieux, ouvert à tous ceux, environ les 2/3 des réformés, qui acceptent les décisions du synode de 1872.
- Les libéraux les imitent et organisent en 1882 leurs assemblées générales.
- Cette situation durera jusqu’en 1906.