En avril 1802, Napoléon Bonaparte, premier consul, promulgue la loi du 18 germinal an X (Articles organiques) qui reconnaît les Églises réformées mais les réduit en Églises consistoriales limitées à 6 000 protestants sans qu’elles puissent avoir une organisation aux plans régional et national. Ces églises sont subventionnées et contrôlées par l’État.
La loi de 1905 sur la séparation des Églises et de l’État ne s’oppose pas au regroupement des Églises. Dès 1906, les Églises réformées consistoriales se regroupent. Ce groupement en trois unions distinctes résulte de la division entre réformés libéraux et orthodoxes qui s’était manifestée au cours du XIXe siècle.
En effet la loi de 1905 ne s’est pas appliquée dans ces régions qui étaient devenues allemandes en 1871. Elle n’a pas non plus été appliquée après, lors du retour de ces régions à la France en 1918 et en 1945. Le régime des Églises y est encore concordataire.
C’est en 1938 qu’a lieu une nouvelle recomposition des Églises réformées. Après cinq ans de discussions se constituent :
- l’Église réformée de France (ERF) lors d’une assemblée tenue à Lyon
- les Églises réformées évangéliques indépendantes (EREI) regroupant les Églises de l’Union des Églises réformées évangéliques n’ayant pas voulu adhérer à l’Église réformée de France. Les EREI changent de nom pour devenir l’Union nationale des Églises protestantes réformées évangéliques de France (UNEPREF).