Du côté protestant, l’iconoclasie est la marque de la première guerre de Religion. Les huguenots se livrent à une violence « pédagogique » touchant des cibles exemplaires. Plus qu’aux personnes, ils s’en prennent aux objets, aux églises, aux tombeaux et aux images.
Les cathédrales sont pillées, leurs objets précieux fondus. Les sanctuaires sont profanés. Les croix sont détruites, les crucifix sont traînés dans les rues avant d’être décapités. Les hosties sont jetées aux chiens, les porcs envahissent les églises. Le culte royal est une autre cible, les huguenots contestant la dimension sacrale du pouvoir monarchique. Le tombeau de Louis XI est profané : tombe violée, statue décapitée, et à Bourges, la dépouille de Jeanne de France, fille de Louis XI est exhumée, son corps dépecé, brûlé. Par contre, les actes de violence du baron des Adrets, dirigés contre les personnes dans la vallée du Rhône et en Dauphiné avec exécution de centaines d’entre elles, sont condamnés par Jean Calvin.
Du côté catholique, pour extirper l’hérésie, la violence prend toutes les formes imaginables : calvinistes jetés nus dans les rivières, lapidés, victimes émasculées, éventrées, nez et oreilles coupés, yeux crevés avant d’être pendus. Ces actes ont un caractère rituel, la cruauté a valeur d’exemple, les huguenots étant considérés comme des suppôts de Satan.
Cette violence, qui se manifeste dès la première guerre de religion, se retrouve, plus ou moins intense, dans les guerres ultérieures, mais elle atteint son maximum dans les massacres de la Saint-Barthélemy. Les récits témoignent de l’horreur de cette violence collective insensée qui n’épargne personne, vieillards, femmes et enfants. Lors du siège de Paris, les meneurs et pamphlétaires de la Ligue se déchaînent et font régner une véritable terreur.
Musée virtuel du protestantisme