Il n’y avait pas eu jusqu’alors de faculté de théologie protestante dans la capitale. La formation aux ministères pastoraux et diaconaux se faisait à la Faculté de théologie réformée de Montauban. Les professeurs de Strasbourg étaient, quant à eux, luthériens. Pendant quelques années, le problème fut de se mettre d’accord entre luthériens et réformés. Cet accord ayant été obtenu, l’École libre est devenue Faculté en 1877 et s’est installée dans le collège Rollin, rue Lhomond.
C’est en 1879 que le ministre de l’Instruction publique, William Waddington, a donné à la Faculté de théologie protestante de Paris, la jouissance de l’hôtel particulier qui se trouve 83 boulevard Arago. Il l’a aussi autorisée à délivrer des diplômes d’État, ce qui pourtant était refusé depuis 1877 à l’enseignement universitaire catholique. Mais cette faveur lui fut assez vite retirée. A la fin du XIXe siècle, elle était faculté libre de théologie protestante.
Depuis sa création, la Faculté de Paris a eu beaucoup de professeurs remarquables, tels Adolphe Lods, Wilfred Monod, Pierre Maury et dans les années mille neuf cent-soixante, Jean Bosc, André Dumas, Oscar Cullmann, Georges Casalis puis, bien sûr, ceux qui sont actuellement en responsabilité.
La Faculté de théologie protestante de Paris et celle de Montpellier se sont regroupées pour former l’Institut protestant de théologie. L’Institut ne délivre pas de diplôme d’État, mais il organise des cours communs avec divers établissement universitaires, ce qui permet aux étudiants de se présenter aux diplômes d’État.
La Faculté de théologie de Paris possède une importante bibliothèque de théologie et beaucoup d’archives, dont celles du philosophe Paul Ricœur pour lesquelles un bâtiment nouveau a été construit et inauguré en juin 2010.
Le bâtiment de la Faculté de théologie protestante de Paris se trouve dans le voisinage immédiat de la prison de la Santé, construite en 1867. C’est pourquoi certaines fenêtres sont condamnées, aux fins d’éviter tout échange non autorisé avec les prisonniers.
Il faut remarquer, 100 mètres plus bas, au croisement du Boulevard Arago et de la rue de la Santé, la dernière vespasienne en service de la ville de Paris.
Musée virtuel du protestantisme