Au XVIe siècle, l’Alsace est une terre très morcelée du Saint Empire romain germanique. La Réforme y pénètre très tôt et s’ implante rapidement dans la plupart des principautés et des villes. Le catholicisme subsiste notamment dans les possessions des Habsbourg et du duc de Lorraine. A Strasbourg, la Réforme est luthérienne avec une position modérée, le protestantisme y rayonne grâce au réformateur Martin Bucer. Celui-ci accueille des réfugiés huguenots et des réfugiés anabaptistes venus de Suisse. Parmi eux, une communauté amish va s’installer dans la vallée de Sainte-Marie-aux-Mines.
Au XVIIe siècle, la guerre de Trente Ans (1618-1648) s’achève par les traités de Westphalie : la majeure partie de l’Alsace est rattachée à la France, et la liberté d’exercice de la religion est reconnue. Le rattachement complet, à l’exception de Mulhouse, a lieu avec la capitulation de Strasbourg en 1681. Les dispositions de la Révocation de l’édit de Nantes (1685), applicables à l’intérieur de la France, ne s’appliquent pas : l’Alsace n’était pas dans le royaume de France lors de la signature de l’édit en 1598. Mais jusqu’à sa mort en 1692, Louvois mène une politique coercitive vis-à-vis des protestants et favorise leur conversion au catholicisme.
Au XVIIIe siècle, la politique coercitive menée en Alsace contre les protestants, déjà atténuée à la fin du XVIIe siècle, est progressivement abandonnée. Le faste de l’enterrement du maréchal de Saxe (1751), qui était resté luthérien, en est le symbole.
Mulhouse qui avait adhéré à la Réforme en 1523, sous l’influence de Zwingli, se rattache volontairement à la France en 1798.
Les idées nouvelles de la Révolution sont d’abord favorablement accueillies par de fortes personnalités comme Oberlin et Blessig. Lorsque vient le temps de la dé-christianisation et des arrestations de « suspects », les cultes sont souvent interdits ; la vie religieuse continue parfois de manière cachée dans des clubs.
